Samurai yang tidak puas berpartisipasi dalam beberapa pemberontakan melawan pemerintah. Yang paling terkenal dipimpin oleh mantan pahlawan restorasi Saigo Takamori dari Satsuma.
Pemberontakan itu ditekan hanya dengan susah payah oleh tentara yang baru dibentuk. Petani, yang tidak percaya pada rezim baru dan tidak puas dengan kebijakan agrarianya, juga ambil bagian dalam. Pemberontakan tersebut mencapai puncaknya pada tahun 1880-an.
Restorasi Meiji kadang-kadang dicirikan sebagai kudeta atau revolusi yang mengakhiri sistem shogunal untuk metode pemerintahan.
Restorasi Meiji menyebabkan banyak trauma dan dislokasi sosial di Jepang. Di sisi lain, reformasi memungkinkan Kekaisaran Jepang untuk bergabung dengan jajaran kekuatan dunia di awal abad ke-20.
Kekaisaran Jepang memiliki kekuatan yang semakin besar di Asia Timur sampai gelombang pasang berbalik melawannya dalam Perang Dunia II.
Namun saat ini, Jepang tetap menjadi salah satu ekonomi terbesar di dunia dan pemimpin dalam inovasi dan teknologi. Sebagian besar berkat reformasi Restorasi Meiji.