Sebelum klan Yamato berkuasa penuh, terjadi konflik perebutan kekuasaan antara klan. Mereka menjadi lawab sekaligus membentuk aliansi. Berbagai taktik strategi digunakan untuk mencapai tujuan mereka, namun tidak satu klan pun yang mendapat kekuatan yang sama.
Pada abad ke-5 Masehi, salah satu keluarga dari klan – klan ini bangkit mendominasi pulau Honshu dan Kyushu. Daerah kekuasaan asli mereka adalah prefektur Kyoto modern, Nara, dan Osaka. Setiap klan dipimpin oleh tokoh tetua laki-laki.
Pemimpin klan selain memimpin upacara untuk menghormati Kami, harus memastikan kesejahteraan klan dan keberlangsungan kekuasaan mereka. Anggota klan adalah aristokrat yang pada akhir periode akan bangkit dan menjadi awal mula keluarga kerajaan Kekaisaran Jepang.
Kemampuan megatur orang-orang mereka yang efektif membuat klan Yamato menjadi kekuatan militer yang efektif. Meski klan Yamato dikenal memiliki supremasi militer selama periode ini, klan Yamato menghindari konflik perang dan lebih kepada membangun aliansi dengan klan lain.
Mereka memberikan tawaran dan posisi dalam sistem politik, dan tidak membiarkan itu gagal. Mereka mengancam dan memaksa klan lain untuk sepakat.
Klan Soga, Mononobe, Nakatomi, Kasuga, Ki, Ototmo dan Haji adalah pendukung klan Yamato yang disebut uji. Klan-klan tersebut diberi peringkat atau gelar sesuai tingkat kekerabatan atau pelayanan mereka.
Dibawah uji adalah kelompok be yang merupakan kelompok pekerja yang terdiri dari pembuat kertas, juru tulis, dan pandai besi.
Imigran dari Tiongkok dan Korea yang memiliki kemampuan dalam pekerjaan yang diinginkan, seperti pengolahan logam atau pembuatan kertas termasuk didalam uji dan be.
Sementara kelompok yang paling bawah adalah kelompok budak, bagian dari kelompok ini adalah tawanan perang.
Hubungan dengan Tiongkok dan Korea
Berdasarkan catatan sejarah, dipercaya bahwa klan Yamato membangun hubungan diplomatik dengan kerajaan Baekje kekaisaran Korea. Pada tahun 366 Kekaisaran Jepang memiliki pos militer di selatan. Namun, di tahun 562 diusir kerajaan Silla.
Berdasarkan catatan sejarah kekaisaran Tiongkok, lima raja kekaisaran Jepang mengirimkan upeti untuk Tiongkok.
Sementara kekaisaran Tiongkok menerima upeti dari kekaisaran Jepang melalui Korea. Imigran dari Tiongkok dan Korea yang memiliki kemampuan dan pengetahuan dihargai orang Jepang untuk meningkatkan kebudayaan kekaisaran Jepang.