Pasukan Kekaisaran Jepang juga merakit sejumlah besar perahu kecil yang dirancang khusus untuk bertempur di perairan dangkal dalam upaya menghambat kemampuan lawan untuk mendaratkan pasukan.
Dalam rencana Kubilai Khan, armada Mongol akan menyerang dalam dua gelombang. Yang pertama berangkat dengan 900 kapal yang membawa 40.000 orang yang akan diikuti oleh 100.000 tentara dan 60.000 pelaut yang akan diangkut dengan 3.500 kapal.
Gelombang pertama mencapai Tsushima pada tanggal 9 Juni. Meskipun mendapat perlawanan yang kuat dari Jepang, pasukan Mongol ini berhasil mengatasi pasukan samurai di sana.
Gerombolan Mongol terus maju ke Kyushu di Teluk Hakata. Di sana, para samurai berhasil membatasi kemampuan Mongol untuk mendaratkan pasukan dalam jumlah kecil dan menggunakan serangan malam hari di kapal mereka.
Taktik para samurai Kekaisaran Jepang membuat frustrasi bangsa Mongol yang kembali ke kapal mereka. Di kapal, mereka justru segera menyadari bahwa mereka telah melakukan kesalahan yang sama lagi dengan menyerang Jepang selama musim topan.
Kali itu, badai lain menghantam dengan keganasan yang lebih besar daripada yang terakhir dan menghancurkan gelombang pertama dan kedua armada.
Angin ilahi ini, begitu diyakini oleh orang Jepang, merupakan bukti campur tangan para dewa dan dikenal sebagai Kamikaze atau Angin Dewa.
Akibat angin ilahi ini, sekitar 4.000 kapal pasukan Mongol tenggelam dan sekitar 100.000 orang kehilangan nyawa. Kejadian ini memaksa armada mereka untuk kembali ke Tiongkok.
Sekali lagi, gerombolan Mongol telah dikalahkan oleh kekuatan alam atau angin ilahi yang mengakhiri setiap upaya besar mereka untuk menjadi penguasa prajurit samurai Kekaisaran Jepang.