Pada periode ini, Kaisar Jepang sering hidup dalam masa “pensiun” jauh dari istana. Ia dapat memerintah tanpa halangan dari upacara istana yang sangat mendetail. Praktik ini dikenal sebagai insei.
Sebagian besar aristokrasi dan kepala pejabat tinggi kuil dan tempat suci juga membenci cengkeraman Klan Taira atas kaisar.
Naik ke puncak kekuasaan
Pada tahun 1180 Minamoto Yorimasa, anggota lain dari Klan Minamoto, bergabung dalam pemberontakan. Saat itu, seorang pangeran kekaisaran, Mochihito-o, menarik Klan Minamoto untuk dipersenjatai di berbagai provinsi.
Yoritomo menggunakan mandat pangeran ini sebagai pembenaran atas pemberontakannya sendiri, Perang Gempei. Ia bahkan berhasil mendapatkan banyak dukungan dari para penguasa feodal di provinsi-provinsi timur.
Banyak anggota keluarga Taira juga bergabung di bawah panji Yoritomo. Rupanya mereka kecewa dengan “hadiah kecil” dari sepupu mereka di istana.
Sang samurai, Yoritomo, segera maju ke Kamakura dan mendirikan markas besarnya di sana. Ia mengonsolidasikan cengkeraman atas pengikutnya sendiri di daerah Kanto.
Selain itu, Yoritomo mencoba mengatur pengikut Minamoto di bawah kendali langsungnya. Dia enggan menyerahkan kendali kepada salah satu dari berbagai kerabatnya, dan untuk tujuan ini dia mendirikan Samurai-dokoro (Dewan Pengikut).
Pada tahun 1183 Minamoto Yoshinaka, sepupu Yoritomo, menduduki Distrik Hokuriku dan menginvasi Kyoto, pusat pemerintahan.
Go-Shirakawa selalu berharap untuk mempermainkan pendukung, serta musuh, melawan satu sama lain. Hal itu dilakukan untuk mendapatkan kembali sebagian substansi kekuatan kekaisaran. Maka, ia pun mengundang Yoritomo untuk mengakhiri karier sukses Yoshinaka yang berbahaya. Yoritomo kemudian menghancurkan Yoshinaka di Kyoto.
Setelah itu, Yoritomo mendirikan Kumonjo (Dewan Makalah Umum) dan Monchujo (Dewan Pertanyaan). Sang samurai tidak hanya mendirikan militer, tetapi juga pemerintahan politik independen di timur.