Pada tahun 1184 pasukan Yoritomo yang cukup besar, dipimpin oleh dua adik tirinya Noriyori dan Yoshitsune. Yoshitsune adalah seorang komandan brilian yang membuat Yoritomo cemburu. Pasukan itu dikerahkan melawan pasukan Taira untuk mendapatkan kemenangan besar. Namun rupanya tidak berhasil.
Setelah kemenangan Minamoto berikutnya, kaisar mendukung Yoshitsune dalam upaya menahan kekuatan Yoritomo. Tapi Yoritomo segera mengusir Yoshitsune dan memaksakan kepada kaisar pembentukan shugo dan jito di seluruh Kekaisaran Jepang. Setelah pembentukan shogu dan jito itu, kekuasaan Yoritomo pun semakin nyata secara nasional.
Segera setelah itu, Yoritomo berhasil membuat Yoshitsune dihukum mati.
Keshogunan Kamakura
Shugo ditempatkan di tiap provinsi dan fungsi mengatur dan mengawasi pengikut Minamoto secara lokal. Shugo juga mengatur proses peradilan dalam kasus pemberontakan dan pembunuhan. Secara otomatis, shugo memperoleh semacam kendali militer di setiap provinsi.
Untuk mengawasi perkebunan individu, jito yang lebih pasif diciptakan. “Fungsinya adalah untuk memungut pajak dan melakukan pengelolaan perkebunan,” tambah Nagahara. Dan, tidak mengherankan, baik shugo maupun jito menjadi penguasa feodal.
Melalui lembaga-lembaga ini, Yoritomo dapat memengaruhi kekuasaan administrasi lokal pemerintah pusat. Ia bahkan melakukan upaya untuk memerintah daerah-daerah terpencil, seperti Kyushu, pulau paling selatan di Kekaisaran Jepang.
Pada tahun 1185 ia menghancurkan Fujiwara Yasuhira, seorang bangsawan independen di daerah Tohoku. Tindakannya itu menunjukkan ambisinya untuk menciptakan struktur kekuasaan yang independen dari ibu kota, di Kyoto.
Pada tahun 1192, beberapa bulan setelah kematian saingan lamanya Go-Shirakawa, Yoritomo menunjuk dirinya sebagai seii taishogun dan menjadi panglima tertinggi atas tuan feodal. Keshogunan Kamakura sekarang secara resmi terbentuk. Seii taishogun bisa diartikan sebagai panglima pasukan melawan orang barbar
Setelah tahun 1192, kebijakan Yoritomo dirancang untuk meredakan ketegangan antara penguasa militer dan bangsawan istana, serta kuil yang kuat. Berkat institusi shugo dan jito, hubungan antara istana Kyoto dan pemerintahan Yoritomo di Kamakura cukup stabil. Yoritomo meninggal pada tahun 1199.
Yoritomo sering dituduh melakukan kekejaman, terutama dalam pembunuhan sepupu dan saudara laki-lakinya. “Namun keadaan politik pada masanya sulit,” ujar Nagahara. Ia harus mencegah perselisihan di antara pengikutnya dan seluruh kelas militer jika ingin mencapai kesuksesan.
Meski ambisius, ia menjadi shogun pertama di Kekaisaran Jepang. Perjuangannya menjadi pembuka jalan bagi kelas samurai untuk berkuasa selama 700 tahun ke depan.