Ketika para pengkhotbah berkeliling Jerman, Inggris, dan Prancis untuk merekrut Pasukan, kaisar mengumpulkan pasukan untuk perang salibnya. Ia secara bertahap mempersiapkan pasukan, meskipun sebagian besar prajurit berasal dari tanah Jerman.
Bangsawan penting yang bergabung dalam petualangan termasuk Duke Henry dari Brabant, Pangeran Henry dari Palatinate Rhine, Duke Frederick dari Austria, Duke Dalmatia dan Duke Carinthia.
Tanggal keberangkatan ditetapkan pada hari Natal 1196 M. Pasukan Salib berangkat dari pantai Laut Utara dan berhenti di Portugal, seperti yang biasa terjadi pada periode tersebut.
Pasukan Salib tersebut membawa sekitar 4.000 ksatria dan 12.000 infanteri, kemudian berkumpul kembali di Bari di Italia selatan pada musim panas tahun 1197 M.
Pada tanggal 22 September, pasukan Jerman tiba di Acre di Tanah Suci Yerusalem. Tapi itu adalah periode saat negara-negara Pasukan Salib (Negara Timur Latin menghadapi dua krisis.
Krisis pertama adalah kematian tak terduga Pangeran Henry II dari Champagne, raja Kerajaan Yerusalem (memerintah 1192-1197 M).
Kematiannya 12 hari sebelum kedatangan Pasukan Salib Jerman. Raja Yerusalem secara aneh jatuh dari jendela saat meninjau pasukan di Acre.
Krisis kedua adalah berakhirnya gencatan senjata yang disepakati dengan dinasti Ayyubiyah. Al-Adin bersiap untuk mengusir kelompok awal Pasukan Salib yang telah menyerbu Galilea.
Al-Adin kemudian bergerak untuk mengepung Jaffa yang jatuh hanya dalam beberapa hari. Perang antara Kristen dan Muslim kembali terjadi.
Akhir sejarah Perang Salib Jerman
Pasukan utama Pasukan Salib tidak menyia-nyiakan waktu. Setelah menguasai Sidon yang telah hancur, mereka segera memulai pengepungan kota penting Peradaban Islam di Beirut.
Sasaran pengepungan berikutnya adalah kota Toron. Pada 28 November 1197 M memulai pengepungan, tapi itu terbukti lebih sulit untuk dipecahkan daripada Beirut, Pasukan Salib mendapat pukulan telak.
Tidak lama setelah itu, pada tanggal 28 September 1197, Henry VI terserang malaria. Henry VI kemudian meninggal di Messina, Italia.
Peristiwa ini seperti pengulangan sejarah Perang Salib yang luar biasa dan tragis. Ayah dan anak kaisar meninggal dalam Perang Salib bahkan sebelum mereka mencapai Tanah Suci.
Kaisar Bizantium, Alexios III sangat senang mendengar kematian Henry. Ia sekarang mendapati dirinya memiliki persediaan uang tunai yang berguna. Ia sekarang tidak perlu lagi menyerahkan uang kepada Pasukan Salib.