Bekerja sama untuk menghancurkan keshogunan
Pencapaian terbesar Ryoma adalah menjadi perantara aliansi antara dua domain kuat Satsuma dan Choshu pada tahun 1866.
Awalnya mereka berselisih. Sikap anti-shogun radikal Choshu kontras dengan keinginan Satsuma untuk persatuan nasional melalui aliansi antara domain shogun.
Namun, keshogunan menjadi lebih diktator. Karena itu, para pemimpin Satsuma Okubo Toshimichi dan Saigo Takamori mengubah sikap mereka ke arah oposisi. Pada tahun 1865, keshogunan memerintahkan domain untuk mendukung pasukannya dalam ekspedisi melawan Choshu.
Ketika itu Satsuma menolak untuk mematuhinya. Ryoma menyampaikan keputusan tersebut kepada para pemimpin Choshu, menciptakan kesempatan bagi kedua belah pihak untuk bergandengan tangan.
Dengan hadirnya Ryoma, kedua domain mengadakan aliansi formal pada tahun 1866. Keduanya setuju untuk menyatukan bangsa bahkan jika itu berarti konfrontasi langsung dengan keshogunan. Pembentukan aliansi sangat meningkatkan ancaman eksistensial yang dihadapi shogun.
Choshu samurai Kido Takayoshi menyusun poin-poin utama dari perjanjian lisan rahasia menjadi enam klausul. Perjanjian itu dikirimnya dalam sebuah surat kepada Ryoma untuk penegasan. Setelah menerima pesan tersebut, Ryoma menulis di sisi sebaliknya bahwa dia sepenuhnya setuju.
Sebuah rencana untuk Kekaisaran Jepang Modern
Di samping kegiatan politiknya, Ryoma melanjutkan pekerjaan angkatan lautnya dan mencoba berdagang. Pada tahun 1865, ia mendirikan perusahaan perintis Kameyama Shachu di Nagasaki.
Perusahaan komersilnya mendukung aliansi tersebut dengan, misalnya, membeli senjata dan kapal atas nama Satsuma untuk disuplai ke Choshu.
Pada tahun 1866, keshogunan mengirimkan ekspedisi hukumannya ke Choshu. Anggota kompi Kameyama berada di atas kapal perang Union dan mengambil bagian dalam pertempuran Shimonoseki. Pertempuran itu adalah satu-satunya pengalaman pertempuran militer Ryoma.
Pencapaian Ryoma lainnya adalah delapan poin rencananya untuk memodernisasi Kekaisaran Jepang. Salah satunya adalah meminta keshogunan untuk menyerahkan kembali kekuasaan kepada kaisar dan pembentukan majelis nasional. Dia mempresentasikan rencana tersebut kepada pemimpin Tosa Goto Shojiro selama perjalanan laut tahun 1867.