Para bajak laut menyebabkan cukup banyak masalah bagi Cina, Korea, dan Jepang. Jepang memiliki sedikit kendali atas pangkalan bajak laut, bahkan jika Cina mulai memaksakan perjanjian perdagangan antara mereka sendiri dan Jepang akan bergantung pada upaya pemerintah terakhir yaitu menjaga perompak tetap terkendali.
Jumlah bajak laut Cina semakin bertambah, menambah masalah pengamanan laut untuk kapal dagang yang sah.
Pada abad ke-14 masehi pemerintah pusat yang lemah masih belum menguasai semua pulau di Jepang. Ini menunjukkan pihak berwenang tidak dapat berbuat banyak untuk mengendalikan pembajakan, bahkan ketika diminta pertama kali oleh kedutaan besar dari negara tetangga pada tahun 1367 yaitu Korea.
Pada tahun 1443, pemerintah Jepang dan Korea akhirnya bersatu, mereka menandatangani Perjanjian Kyehae yang berusaha untuk melegitimasi perdagangan antara kedua negara, khususnya antara Pulau Tsushima dan pelabuhan Korea di Tonnae, Ungchon, dan Ulsan. Hal ini dapat menghapus sebagian dari pendapatan bajak laut.
Sayangnya, perjanjian tersebut dibatalkan pada tahun 1510 menyusul gangguan yang disebabkan oleh pedagang Jepang di ketiga pelabuhan Korea. Kesepakatan baru, tetapi cakupannya jauh lebih terbatas, dibuat dua tahun kemudian.
Perjanjian hanya berhasil untuk sementara waktu, para bajak laut kembali menyerang pelabuhan Korea dalam serangan besar pada tahun 1544 .
Menjelang akhir abad ke-16 masehi, wako yang berbasis di Jepang akhirnya akan mendapatkan pembalasan. Toyotomi Hideyoshi, pemimpin militer Jepang dari tahun 1582-1598 bertekad menghapus pembajakan. Berkat penyatuan Jepang yang dilakukannya, Hideyoshi gigih menyerang wako.
Hideyoshi yang pragmatis juga menggunakan banyak bajak laut untuk dirinya sendiri, mengizinkan kapal mereka untuk berdagang secara sah sejak tahun 1592 , asalkan mereka membawa segel merah pribadinya, maka nama umum mereka shuin-sen atau kapal segel merah. Kebijakan yang sama dilakukan oleh penggantinya Tokugawa Ieyasu (memerintah 1603-1605 ).
Akhirnya, lautan Asia Timur telah (hampir) dibebaskan dari para bajak laut, tetapi kerusakan reputasi internasional Jepang telah terjadi. Hideyoshi sendirilah yang memperburuknya dengan menyerang Korea antara tahun 1592 dan 1598. Sebuah invasi yang juga termasuk menyerang wako dan kapalnya.