Dalam misi ini, Afonso mengirim tiga kapal untuk menemukan pulau rempah yang masih rahasia. Dipimpin oleh António de Abreu yang Alfonso percayai, dan ditemani wakil komandan Francisco Serrão, misi pencarian diberangkatkan.
Pelaut Melayu direkrut untuk memandu mereka untuk melintasi Pulau Jawa, Kepulauan Sunda Kecil, dan sampai ke Pulau Ambon lalu ke Kepulauan Banda, mereka tiba pada awal tahun 1512.
Di sana mereka tinggal selama sebulan, mereka menemukannya, membeli dan mengisi kapal mereka dengan pala dan cengkeh. António de Abreu kemudian berlayar ke Amboina sementara Serrão berlayar menuju Maluku.
Nahas, kapal Serrão karam di dekat Seram. Sultan Abu Lais dari Ternate mendengar kabar tentang terdamparnya mereka, dan, melihat kesempatan untuk bersekutu dengan negara asing yang kuat, yang membawa mereka ke Ternate pada tahun 1512.
Momentum ini menjadi titik balik sejarah Portugis bersekutu dengan Ternate, yang menyeretnya ke pusaran konflik Ternate dengan Tidore. Begitu juga iming-iming atas rempah, membuat Portugis memanfaatkan momentum.
Setelahnya orang-orang Portugis diizinkan untuk membangun sebuah benteng di pulau itu, Forte de São João Baptista de Ternate, dibangun pada tahun 1522. Hal ini menandai permulaan sejarah Portugis di Nusantara dalam jangka waktu yang cukup panjang.