Setelah kematian Adhi Rajendra pada kuartal terakhir abad ke-12, raja muda Chola menjadi lemah di negara Pandya. Memanfaatkan situasi ini, para kepala suku Pandya mulai memerintah daerahnya masing-masing secara mandiri.
"Menyusul jatuhnya Dinasti Chola, kerajaan Pandya muncul sebagai dinasti Tamil yang dominan pada abad ketiga belas," tulis Patil Amruta kepada Prepp dalam artikel berjudul Pandya kingdom-Ancient History Notes yang terbit 15 September 2023.
Akses perdagangan mereka kembali terbangun dengan baik pasca diduduki Chola, dan hal inilah yang membuat kerajaan ini mampu mengembalikan kondisi ekonomi hingga politik setelah bangkit kembali.
Mereka mengamankan perdagangan dengan negara-negara pelaut Tamil pada dinasti Pandyan, Chola, dan Chera dan membangun pemukiman perdagangan yang menjamin perdagangan dengan Asia Selatan dengan dunia Yunani-Romawi, yang sudah terjalin sebelumnya.
Industri yang berkembang pesat selama menjalankan perdagangan internasionalnya adalah penangkapan mutiara. Perdagangan mutiara dipusatkan di kota pelabuhan Korkai di Pandyan. Mutiaranya dijual dengan harga tinggi sehingga membuat Pandya berkembang pesat secara ekonomi.
Namun, pasca Maravarman Kulasekhara I wafat pada tahun 1310, kondisi kerajaan semakin tidak stabil. Putra-putranya, Vira Pandya IV dan Sundara Pandya IV berperang dalam perang suksesi untuk menguasai kekaisaran.
Perang saudara ini timbul akibat Maravarman Kulasekhara menunjuk Vira Pandya IV untuk menggantikannya. Namun, Sundara Pandya IV tidak menyukai keputusan ayahnya hingga bertekad merebut singgasana kerajaan dari Vira.
Carut-marut politik internal ini membuat kondisi politik Pandya menjadi tidak stabil. Bersamaan dengan perang saudara Pandya terjadi, muncul adanya penyerbuan dari Dinasti Khalji di India selatan.
Raja tetangga Hoysala, Ballala III, memanfaatkan situasi politik Pandya yang melemah dan segera turut menyerbu wilayah Pandya. Perseteruan keluarga dan invasi kesultanan menghancurkan kerajaan Pandya hingga tidak dapat diperbaiki lagi.
Sampai pada Kerajaan Jaffna mendeklarasikan kemerdekaannya setelah runtuhnya pengaruh Pandya pada tahun 1323, meski dinastinya masih bersisa hingga benar-benar hilang pada 1345.
Bagaimanapun, Pandya telah menggoreskan tinta emas, sejarah kerajaan dengan usia terpanjang sejak 580 SM hingga 1345 M, yakni 1.925 tahun lamanya eksis dengan dinamikanya hingga benar-benar hilang seiring berjalannya waktu.