Meskipun demikian, tak lama Alcibiades dipanggil kembali ke Athena untuk menghadapi vonis bersalah dari pengadilan. Ia harus menghadapi hukuman mati.
Daripada harus menghadapi hukuman mati, mungkin tak mengherankan jika Alcibiades pada saat itu lebih memilih untuk melarikan diri ke Sparta.
Alcibiades membuat dirinya berguna bagi tuan rumah barunya. Menurut para penuduhnya di Athena, ia dengan bebas memberikan rahasia negara Athena kepada Sparta.Ia juga menyarankan Sparta untuk merebut benteng Dekeleia di Athena dengan paksa (yang mereka lakukan pada tahun 413 SM).
Sementara itu, ekspedisi Athena di Sisilia merupakan bencana besar dengan kekalahan total pada tahun 414 SM dan hilangnya Nicias serta jenderal berbakat Demosthenes.
Mengutip murid Socrates, Xenophon, Mark mengatakan “Alcibiades telah menyarankan Sparta untuk mengirim jenderal Gylippos untuk membantu Sisilia yang terkepung.”
Alcibiades segera kehilangan dukungan di Sparta, khususnya oleh Raja Agis, sehingga ia bergabung dengan gubernur Persia, Satrap Tissaphernes.
Alcibiades mendorong Persia untuk tetap bersahabat dengan Athena dan Sparta. Namun pada saat yang sama juga, Alcibiades berusaha meyakinkan armada Athena yang berbasis di Samos bahwa dialah orang yang tepat untuk merundingkan persekutuan Athena-Persia.
Alcibiades tahu bahwa hal ini hanya mungkin terjadi jika sebuah oligarki mendapatkan kendali politik di Athena. Untuk itu, ia dikirim ke Athena dan membujuk para bangsawan yang tidak puas untuk melakukan kudeta. Hal ini berhasil, dan demokrasi pun berganti menjadi oligarki.
Alcibiades diangkat menjadi strategos oleh angkatan laut di Samos. Ia memimpin armada menuju kemenangan atas Sparta di Cyzicus di Hellespont pada tahun 410 SM. Kemenangan Athena lainnya termasuk kekalahan Satrap Persia Pharnabazos di Abydos dan perebutan Bizantium.
Pada tahun 407 SM, Alcibiades kembali ke Athena dengan penuh kemenangan. Tuduhan-tuduhan lama terhadapnya dicabut.
Sebagai penghargaan atas usahanya, ia diangkat menjadi strategos autokrater sekali lagi, namun kali ini di atas jenderal-jenderal lainnya. Dengan demikian, Alcibiades kini menjadi panglima tertinggi angkatan bersenjata Athena.
Suatu waktu, Alcibiades bertugas memadamkan pemberontakan di Andros, diikuti dengan ekspedisi untuk memerangi poleis di Ionia utara. Saat berada di sana, ia mempercayakan komando armada di Samos kepada seorang bernama Antiokhos.
Pada tahun 406 SM, komandan Sparta, Lysander memanfaatkan ketidakhadiran Alcibiades dan dengan mudah mengalahkan angkatan laut Athena di Notium. Kekalahan ini adalah salah satu momen kunci dalam Perang Peloponnesia.
Mark menjelaskan, Alcibiades disalahkan atas kelalaiannya. Akibatnya, ia pergi untuk tinggal di Thrace pada tahun 404 SM.
“Pada tahun yang sama, setelah berlindung dengan Pharnabazus dari Persia, Alcibiades dibunuh di Frigia, kemungkinan besar karena campur tangan Lysander dan Tiga Puluh Tiran Athena,” pungkas Mark.