Pertempuran ini dimenangkan oleh pasukan Prancis, dan kemenangan ini membuka jalan bagi pendudukan lebih lanjut atas Kairo. Sebuah pemerintahan baru dibentuk oleh Napoleon, mengakhiri 'feodalisme', perbudakan, dan mengimpor struktur Prancis.
Kendati demikian, Napoleon masih belum bisa menguasai lautan. Kendali laut pada saat itu masih berada di tangan Angkatan Laut Inggris di bawah pimpinan Admiral Horatio Nelson. Pada tanggal 1 Agustus, Pertempuran Sungai Nil terjadi.
Dalam pertempuran tersebut, pasukan Prancis harus menerima kekalahan setelah serangan kejutan Inggris di malam hari.
“Di Sungai Nil, Nelson menghancurkan sebelas kapal di jalur tersebut, yang merupakan seperenam dari seluruh kapal yang dimiliki angkatan laut Prancis, termasuk beberapa kapal yang sangat baru dan besar,” jelas Wilde.
Kekalahan ini adalah pukulan besar bagi Napoleon. Hal ini berdampak pada terbatasnya mobilitas dan pasokan Napoleon, membuatnya terisolasi di daratan Mesir tanpa dukungan atau kemungkinan bantuan dari laut.
Menukil Acerra dan Meyer, Wilde mengatakan, ini adalah “pertempuran penentu dalam Perang Napoleon, yang sebenarnya belum dimulai.”
Napoleon bahkan tidak dapat membawa pasukannya kembali ke Prancis dan, dengan kekuatan musuh yang mulai terbentuk, Napoleon berbaris ke Suriah dengan pasukan kecil. Tujuannya adalah untuk memisahkan Kekaisaran Ottoman dari aliansi mereka dengan Inggris.
Setelah merebut kota Jaffa, Napoleon dan pasukannya bergerak maju untuk mengepung kota Acre. Meskipun mereka mampu mengepung kota tersebut, upaya untuk merebut Acre akhirnya gagal karena pertahanan yang kuat oleh pasukan yang dipimpin oleh Pasha Ahmed al-Jazzar.
Selama operasi ini, Prancis juga mengalami masalah serius dengan wabah penyakit yang melanda pasukan mereka. Situasi kesehatan yang buruk ini memaksa Napoleon untuk mempertimbangkan untuk kembali ke Mesir.
Pada saat yang sama, terjadi serangan oleh pasukan Ottoman dengan bantuan dari kapal-kapal Inggris dan Rusia di Aboukir. Napoleon bertindak cepat untuk menghadapi serangan ini sebelum pasukan kavaleri, artileri, dan pasukan elit yang didaratkan dapat mengambil posisi.
Dengan tindakan yang cepat, Napoleon berhasil mengusir pasukan Utsmaniyah dari Aboukir, mencegah mereka untuk mengambil keuntungan dari pendaratan mereka.