Meskipun ada beberapa kemenangan, kegagalan merebut Acre dan masalah kesehatan yang serius di antara pasukan Prancis menjadi salah satu faktor yang menyulitkan kampanye militer Napoleon di Mesir.
Pasca Kekalahan di Prancis
Setelah kembali dari Mesir, Napoleon melakukan kudeta yang sukses pada tahun 1799, dikenal sebagai Kudeta 18 Brumaire. Ia mengambil alih kekuasaan di Prancis dan mendirikan Konsulat, yang kemudian menjadi tahap awal dari pemerintahan Napoleon yang lebih otoriter.
Sementara itu, di wilayah Mesir, setelah Napoleon pergi, Jenderal Jean-Baptiste Kleber ditugaskan untuk mengelola tentara Prancis.
Ia telah menandatangani Konvensi El Arish dengan Ottoman dengan harapan dapat menarik tentara Prancis kembali. Namun, rencananya digagalkan oleh penolakan Inggris. Kleber kemudian merebut kembali Kairo, tetapi beberapa minggu kemudian, dia dibunuh.
Inggris kemudian memutuskan untuk mengirim pasukan di bawah komando Abercromby. Inggris dan Prancis bertempur segera setelah itu di Alexandria, dan sementara Abercromby terbunuh, Prancis dipukuli, dipaksa pergi dari Kairo, dan menyerah.
Setelah melakukan kesepakatan pada tahun 1802, Inggris mengizinkan pasukan Prancis untuk kembali ke tanahnya. Kesepakatan ini menandai akhir dari pendudukan militer Prancis di Mesir. Mimpi oriental Napoleon telah berakhir.