Bisa jadi, alasan agama adalah yang sangat penting. Diyakini, ibunya adalah pendeta wanita bulan Sin. Nabonidus sendiri secara terang-terangan menyembah Sin. Kepercayaan ini berbeda dengan penduduk ibu kota Babilonia yang merupakan pusat pemujaan Marduk.
Dalam penyembahan Marduk, otoritas agama menyelenggarakan festival untuk masyarakat yang disebut Festival Tahun Baru. Dalam festival tesebut, raja harus menyerahkan dirinya kepada Marduk, melepaskan mahkota dan lambang kerajaannya sementara, menyerahkan takhtanya, berdoa, dan menerima hukuman keras dari pendeta.
Nabonidus tentu menolak, secara penyembahan kepada Marduk. Dia kerap menelantarkan festival Tahun Baru yang membuatnya difitnah oleh para pendeta Marduk.
Sikapnya juga sangat mengacuhkan Marduk. Terbukti dalam Silinder Nabonidus, prasasti berbahan tanah liat, dia mendirikan kuil untuk tiga dewa, Sin di Harran, Anunitu (dewi perang) di Sippar, dan dewa matahari Samas di Sippar.
Pendapat lain justru mengatakan bahwa pengasingan Nabonidus ke Tayma adalah karena situs arkeologi. Di sana terdapat prasasti suci yang membuatnya mencari pengalaman spiritualnya.
Berpindah agama ke monoteistik?
Ada pula yang memperkirakan Nabonidus ke Tayma karena sakit dan berupaya menyembuhkan diri. Alasan ini agak aneh karena masa kepergiannya adalah sekitar satu dekade.
Namun, pendapat ini punya dasar karena terdapat Doa Nabonidus dari Naskah Laut Mati yang ditemukan di Qumran, Tepi Barat, Palestina sekitar 1946 dan 1956. Naskah itu mengatakan bahwa Nabonidus menderita maag, sehingga dia harus mundur dari kota Babilonia dan tinggal ke Tayma.
Di Tayma, dia disembuhkan oleh pengusir setan Yahudi. Doanya pun bernuansa monoteistik Yahudi seperti berdoa kepada Tuhan Yang Maha Esa dan memohon pengampunan dosa. Isi ini menarik karena membuka kemungkinan Nabonidus memeluk monoteistik agama baru setelah dari Tayma.
Bagaimanapun, sumber sejarah Babilonia mengatkaan bahwa Nabonidus kembali pada 542 SM. Namun, pada saat itu, Kekaisaran Babilonia Baru sedang berhadapan dengan kekuatan Kekaisaran Akhemeniyah yang dipimpin Koresh Agung.
Kekaisaran besar itu kemudian jatuh dengan menyerahnya sang raja. Uniknya, Nabonidus meminta dirinya dapat hidup relatif bebas. Kekaisaran Akhemeniyah pun mengizinkannya.
Koresh Agung memulai kekuasaan Persia dengan mengembalikan artefak keagamaan ke tempat suci asalnya, termasuk mengizinkan orang-orang Yahudi kembali ke Yerusalem. Izin itu membuat bangsa Yahudi dapat membangun kembali Bait Suci.