Sayangnya, konflik yang berkepanjangan dengan tentara salib Eropa berujung pada bentrokan militer dengan pasukan Bizantium.
Selama Perang Salib Keempat, ibu kota Bizantium sendiri direbut dan dimulailah periode kemunduran kekaisaran.
Pada tahun 1299, sebuah kerajaan Muslim baru, yang dikenal sebagai Ottoman, mendapat keuntungan dari peristiwa ini. Mereka mampu menguasai sebagian besar Kekaisaran Bizantium setelah Perang Salib Keempat dan terus berkembang hingga abad ke-15.
Pada tahun 1453, Kekaisaran Ottoman merebut Konstantinopel dan mengakhiri Kekaisaran Bizantium.
Dampak jangka panjang lain dari Perang Salib adalah perkembangan teknologi baru. Hal ini paling jelas terlihat dalam bidang peperangan, ketika orang-orang Eropa dihadapkan pada senjata dan taktik baru selama mereka berada di Tanah Suci.
Kesatria Eropa juga mulai menggunakan baju besi yang lebih berat. Hal ini membuat mereka lebih tahan terhadap serangan.
Selain itu, kemajuan dicapai dalam pembuatan kapal dan navigasi, yang memungkinkan orang Eropa melakukan perjalanan dengan lebih mudah ke belahan dunia lain.
Perang Salib juga berperan dalam penyebaran ide dan pengetahuan antara Eropa dan Timur Tengah. Selama Perang Salib, orang-orang Eropa bersentuhan dengan ide-ide, teknologi, dan cara hidup baru.
Misalnya, tentara salib yang kembali dari Timur membawa kembali buku-buku tentang berbagai topik, seperti kedokteran, astronomi dan matematika.
Selain itu, mereka juga memperkenalkan pembelajaran bahasa Arab kepada para sarjana Eropa. Para cendekiawan Muslim berhasil menyelamatkan salinan langka karya tulis Yunani dan Romawi Kuno yang telah lama hilang di Eropa.
Perang Salib juga membantu Gereja Katolik berkembang dalam beberapa cara. Misalnya, Gereja menjadi lebih tersentralisasi dan terorganisir akibat Perang Salib.
Munculnya perbankan terpusat di dalam gereja dikembangkan sebagai akibat langsung dari Perang Salib, untuk mengelola sejumlah besar uang dan sumber daya yang mengalir ke dalam gereja.