Pada tahun 1831, Darwin diundang untuk mengambil bagian dalam pelayaran kapal Beagle. Ia mendapat rekomendasi dari mantan profesornya.
Robert menjelaskan, setelah mengikuti ujian akhir di Cambridge pada tahun 1831, Darwin menghabiskan beberapa minggu untuk melakukan ekspedisi geologi ke Wales.
“Dia berniat kembali ke Cambridge pada musim gugur itu untuk mengikuti pelatihan teologi, tetapi sepucuk surat dari seorang profesor, John Steven Henslow, yang mengundangnya untuk bergabung dengan Beagle, mengubah segalanya,” jelas Robert.
Dengan penumpang yang bersemangat, kapal Beagle meninggalkan Inggris pada tanggal 27 Desember 1831. Kapal ini mencapai Kepulauan Canary pada awal Januari dan melanjutkan perjalanan ke Amerika Selatan, yang dicapai pada akhir Februari 1832.
Selama penjelajahan di Amerika Selatan, Darwin dapat menghabiskan banyak waktu di darat, terkadang mengatur agar kapal menurunkan dan menjemputnya di akhir perjalanan darat.
Dia menyimpan buku catatan untuk menulis pengamatannya, dan selama masa-masa tenang di atas kapal Beagle, dia akan menyalin catatannya ke dalam jurnal.
Setelah melakukan penjelajahan yang cukup jauh di Amerika Selatan, Beagle mencapai Kepulauan Galapagos pada bulan September 1835. Darwin terpesona oleh keanehan seperti bebatuan vulkanik dan kura-kura raksasa.
Saat berada di Galapagos, Darwin mengumpulkan sampel burung mockingbird, dan kemudian mengamati bahwa burung-burung itu agak berbeda di setiap pulau. Hal ini membuatnya berpikir bahwa burung-burung tersebut memiliki nenek moyang yang sama, namun mengikuti jalur evolusi yang berbeda setelah mereka terpisah.
Beagle meninggalkan Galapagos dan tiba di Tahiti pada bulan November 1835. Ia juga kemudian berlayar hingga mencapai Selandia Baru pada akhir Desember.
Pada bulan Januari 1836, Beagle tiba di Australia, di mana Darwin sangat terkesan dengan kota Sydney yang masih muda.