Pemerintah tidak bisa mengabaikan aktivitas ilegalnya, dan pemerintah Kolombia mengeluarkan surat perintah penangkapan.
Selain itu, adanya perang dengan rival lamanya, kartel Cali, juga membahayakan nyawanya. Escobar bahkan membantu mengekstradisi sesama gembong narkoba seperti Carlos Lehder ke Amerika Serikat.
Ada yang mengatakan bahwa pukulan terakhir terjadi ketika putrinya, Manuela, terluka dalam pemboman di rumahnya.
Sampai Escobar menyadari bahwa dia dapat diekstradisi ke Amerika, dia memutuskan untuk bernegosiasi dengan pemerintah Kolombia.
Dia selalu berkata, “Lebih baik kuburan di Columbia daripada sel di Amerika.” Hingga pada akhirnya, Pablo Escobar menyerah kepada pihak berwenang pada tanggal 19 Juni 1991.
Dia setuju untuk menjalani hukumannya di “penjara yang dirancangnya sendiri”. Maka lahirlah La Catedral. Penjara itu lebih mewah daripada institusi sebenarnya.
Penjara ini dirancang dengan mempertimbangkan kenyamanan Escobar yang memiliki bar, disko, jacuzzi, dan air terjun. Tentu saja, tingkat kenyamanan ini ada harganya.
Anak buah Escobar menjaga penjara dengan ketat untuk menjamin keselamatannya. Benteng itu menghalangi masuknya musuh-musuhnya dan teman-temannya.
Dengan kata lain, itu adalah tempat yang sempurna bagi Pablo untuk terus menjalankan kerajaan narkobanya dari balik jeruji besi.
Meski dalam kondisi menyerah, Escobar tetap bisa menyelundupkan kokain dan menjalankan kartelnya dengan mudah. Akibatnya, banyak pejabat pemerintah menyatakan bahwa hukuman “penjara” Pablo hanyalah sebuah lelucon.
Dia masih berkuasa, dan pemerintah tidak mempunyai kendali atas dirinya. Bahkan dengan pelanggaran perjanjian ini, pemerintah Kolombia masih mengizinkan Escobar menjalani hukumannya di La Catedral.
Pada saat itu, Presiden Cesar Gavira menyatakan bahwa perlakuan terhadap Escobar sesuai dengan tuntutan hukum, namun tidak ada yang mempercayainya.