Memang benar, hal ini terjadi ketika putra sulung Tokugawa Ieyasu, Nobuyasu, dituduh melakukan pengkhianatan dan diperintahkan untuk melakukan seppuku.
Pada tahun 1579, Tsukiyama-dono, istri Ieyasu, bersama dengan putra sulungnya Tokugawa Nobuyasu, dituduh bersekongkol dengan klan Takeda. Ieyasu memerintahkan putranya untuk melakukan seppuku.
Ieyasu menunjuk Hanzo sebagai kaishakunin–orang yang ditunjuk untuk melakukan pemenggalan kepala dan mengakhiri penderitaan orang yang dihukum.
Namun, Hanzo menolak. Dia terlalu setia kepada keluarga yang dilayani dan tidak membiarkan pedangnya diresapi dengan darah tuannya sendiri. Ieyasu sangat menghargai kesetiaannya dan mengatakan, "Bahkan setan pun bisa meneteskan air mata."
Kesetiaan dan kecerdasan Hanzo juga dapat dibuktikan ketika ia terlibat dalam pertempuran Iga dii Tensho (1579) dan pertempuran berani untuk mencegah kehancuran Iga (1581).
Namun, kontribusinya yang paling mengesankan mungkin terjadi pasca kematian Nobunaga pada tahun 1582: Hanzo berhasil menyelamatkan Ieyasu dari ancaman pembunuhan yang dilancarkan oleh pengkhianat Akechi Mitsuhide.
Jika bukan karena teknik pengumpulan intelijen Hattori Hanzo dan ninja Iga-nya, Ieyasu kemungkinan besar akan tewas dalam pelariannya ke Mikawa.
Kematian Hanzo
Pada tahun 1596, di usia 55 tahun, Hanzo dinyatakan meninggal. Berbagai rumor penyebab kematiannya beredar di masyarakat. Ada yang mengatakan bahwa ia pingsan secara tiba-tiba ketika sedang berburu.
Dari berbagai rumor yang menyebar, menurut Serena, terdapat kisah yang jauh menarik, namun mungkin hanya mitos belaka.
Alkisah, Ieyasu mengirim Hanzo, untuk menyelesaikan masalah dengan saingan terberatnya, ninja bajak laut Fuma Kotaro.