Namun Onoda merasa skeptis. Terlatih dalam perang propaganda, dia menduga pesan-pesan ini adalah upaya Sekutu untuk mengelabui mereka agar menyerah.
Pelatihannya di Sekolah Nakano telah mempersiapkannya untuk mewaspadai taktik semacam itu, memperkuat tekadnya untuk terus berjuang sampai dia menerima perintah resmi dari atasannya.
Terisolasi di hutan lebat, Onoda dan sekelompok kecil rekan prajuritnya harus mengandalkan pelatihan dan kecerdikan mereka untuk bertahan.
Mereka terus-menerus hidup sembunyi-sembunyi, menghindari penangkapan dan tidak menonjolkan diri.
Dia mencari buah-buahan tropis, berburu binatang liar, dan memancing di sungai.
Selama tahun-tahun berikutnya, Onoda memimpin kelompoknya dalam melakukan operasi gerilya, percaya bahwa tindakan mereka berkontribusi terhadap upaya perang.
Mereka memperbaiki senjata dengan sedikit sumber daya yang mereka miliki dan membuat pakaian dari kulit pohon untuk menggantikan seragam mereka.
Meskipun banyak upaya yang dilakukan oleh penduduk setempat dan Angkatan Darat Filipina untuk meyakinkan mereka bahwa perang telah berakhir, keyakinan Onoda yang tak tergoyahkan terhadap perintahnya.
Hal ini membuatnya tetap berperang dalam perang yang telah berakhir di seluruh dunia.
Seiring berlalunya waktu, ketiga rekan Onoda menyerah atau dibunuh, meninggalkannya sendirian pada tahun 1972.
Onoda juga menjaga senjata dan amunisinya dengan sangat hati-hati. Meskipun iklim tropis, yang sangat keras terhadap logam dan material, ia berhasil menjaga senapan dan amunisinya yang terbatas dalam kondisi kerja selama ia tinggal.