Meski pejabat daerah berusaha mengakali target, rupanya pemerintah Jepang tidak pernah mendapat jumlah yang dibutuhkan. Padahal, jumlah padi yang diangkut dari para petani cukup besar. Kesenjangan ini, Kurasawa berpendapat disebabkan oleh "hilangnya atau rusaknya beras yang dikumpulkan saat diangkut ke pemerintah militer".
Permasalahan pangan beras ini juga didorong oleh perubahan sistem pemerintah masa pendudukan Jepang yang berbeda dari pemerintahan Hindia Belanda. Sistem transportasi lebih banyak digunakan untuk kebutuhan militer, termasuk pangannya. Penyebab perubahan ini karena kelangkaan tenaga kerja ahli dan bahan bakar.
Beras yang Tidak Terdistribusi ke Daerah
Sistem pemerintahan membuat komoditas terkonsentrasi di lembaga pusat. Jepang menerapkan politik beras yang direncanakan sejak Agustus 1942. Dari peraturannya, mereka mendirikan pengelola pangan Shokuryo Kanri Zimusyo, Kantor Pengelolaan Pangan yang berada di bawah Departemen Ekonomi Gunseikanbu (kantor pusat pemerintahan militer).
Sementara itu, para petani harus menjual hasil produksinya ke pemerintah melalui pihak penggiling. Pemerintah desa berwenang menentukan pihak penggiling. Petani dilarang menjual hasil panennya ke pihak lain. Dengan demikian, terbentuklah pasar beras ilegal yang semestinya dapat dimanfaatkan untuk pemenuhan kebutuhan pangan.

Daerah hanya mematuhi permintaan target pusat, namun pasokannya berkurang. Dari sini, petaka kelaparan akan muncul di berbagai daerah. Kelaparan ini ditambah dengan kebiasaan masyarakat di Jawa yang sangat bergantung pada beras sebagai makanan pokok. Bahkan, orang Jawa mengenal kalimat "belum bisa disebut makan, jika tanpa nasi".
Berdasarkan data dari Ministerie van Kolonien (Kementerian Koloni Belanda) di National Archief Belanda, angka kematian sangat tinggi antara 1939 dan 1944. Kematian paling banyak terjadi semasa pendudukan Jepang di Jawa. Meski tidak jelas apa penyebabnya, Kurasawa memperkirakan kematian ini berhubungan dengan romusha dan kelaparan.
Kemarahan Petani Indramayu
Tidak selamanya menyerah pada sistem yang menindas, masyarakat yang lapar dan petani yang diperas pada akhirnya melawan. Antara Maret dan Agustus 1944, masyarakat Indramayu melakukan perlawanan yang diprakarsai petani dan para ulama. Pimpinan pemberontakan ini adalah Haji Madrias, Haji Kartiwa, Kyai Abas, dan Kyai Srengseng.
Perlawanan masyarakat Indramayu tersebar di tiga tempat, Lohbener, Sindang , Kaplongan, dan Bugis.
Penyebab pemberontakan ini disebabkan sistem pungutan padi yang memaksa. Para petani harus menyerahkan kuota tetap per hektar untuk semua sisa padi kepada pemerintah. Hanya jatah konsumsi pangan dan persiapan bibit yang jumlahnya sedikit di tangan petani.
Kondisi kesejahteraan di Jawa sudah sangat memburuk pada 1944. Cirebon Shu (Keresidenan Cirebon) sendiri mengalami kematian 80 jiwa untuk 1.000 penduduk dengan tingkat kelahiran yang lebih rendah.
Pemberontakan ini berdampak pada perubahan sosial dan politik beras Jepang. Khususnya di Indramayu, badan-badan baru bermunculan untuk mengawasi perdagangan beras, setelah selama ini tengkulak dan pedagang yang mengontrol secara buruk sistem pungutan.
Selain itu, Pemberontakan Indramayu mendorong masyarakat yang mulai bergerak untuk menentang sistem pungutan padi Jepang. Pada akhirnya, perlawanan masyarakat terhadap Jepang yang kelak berkontribusi pada kalangan yang mengupayakan kemerdekaan secara mandiri pada 1945.