Sebagai balasan, Escobar meningkatkan serangan bom di kota-kota, sementara Los Pepes menghancurkan properti milik Escobar dan sekutunya.
Diego Fernando Murillo, alias Don Berna, tokoh sentral dalam Los Pepes menurut Insight Crime, mengklaim bahwa Los Pepes bekerja sama dengan Pasukan Pencari dalam penggerebekan persembunyian Escobar di Medellín. Don Berna mengatakan bahwa adiknya, Rodolfo, memberikan tembakan fatal kepada Escobar dengan senapan M-16.
Meski ada bukti kerjasama antara Pasukan Pencari dan Los Pepes, serta dugaan bahwa Don Berna bekerja sama dengan Pasukan Pencari dan DEA, cerita Don Berna belum sepenuhnya dikonfirmasi.
Pengakuan mantan anggota paramiliter pada tahun 2003 mendukung klaim Don Berna tentang operasi bersama tersebut, dengan menyatakan, "Ini adalah kesepakatan yang mereka buat karena Escobar adalah musuh bersama."
Namun, Fidel Castaño, salah satu pendiri Los Pepes, membantah keterlibatan mereka dalam operasi tersebut. Dalam wawancara tahun 1994, ia menegaskan bahwa pembunuhan Escobar adalah tindakan eksklusif polisi.
“Operasi di mana Escobar terbunuh dilakukan secara eksklusif oleh polisi, seperti yang diketahui publik,” katanya.
Kisah Bowden yang menyebutkan Castaño bekerja sama dengan Pasukan Pencari dan DEA, serta kabel DEA yang menyebut Castaño sebagai "individu yang bekerjasama," menambah kerumitan dalam narasi sejarah ini.
Teori Tiga: Pablo Escobar Sendiri
Sebastián Marroquín, putra Escobar yang sebelumnya dikenal sebagai Juan Pablo Escobar Henao, meyakini bahwa ayahnya memilih untuk mengakhiri hidupnya sendiri.
Dalam wawancara tahun 2014 dan bukunya Pablo Escobar: My Father, Marroquín berargumen bahwa Escobar telah berulang kali menyatakan niatnya untuk tidak tertangkap hidup-hidup, bahkan jika itu berarti menembak diri sendiri di telinga kanan.
Sebuah foto dari tempat kejadian menunjukkan pistol Sig Sauer milik Escobar tergeletak di samping tubuhnya, yang menurut Marroquín, adalah senjata yang Escobar rencanakan untuk digunakan dalam bunuh dirinya.
Teori ini juga didukung oleh anggota keluarga lainnya, yang setelah ekskavasi ulang jasad Escobar pada tahun 2006, menyatakan bahwa lubang peluru di kepala Escobar mengindikasikan bunuh diri.
Namun, ada keraguan yang disampaikan oleh orang-orang seperti Martinez, yang menunjukkan bahwa tembakan dari jarak dekat seharusnya meninggalkan tanda serbuk mesiu, yang tidak terlihat pada foto autopsi Escobar. Mark Bowden, penulis yang menulis tentang Escobar, mencatat bahwa ketidakpastian ini mungkin disengaja.
Kehidupan dan kematian Escobar telah meninggalkan bekas yang mendalam di Kolombia, dan tampaknya ada keinginan bersama untuk melupakan detail-detail spesifik tentang bagaimana dia mati, baik di antara pejabat di Kolombia maupun di Amerika Serikat.
Bahkan seorang tentara AS yang terlibat dalam pengejaran Escobar mengatakan kepada Bowden bahwa kebenaran sebenarnya mungkin tidak akan pernah terungkap, meninggalkan kita semua untuk terus berspekulasi.
Kisah Pablo Escobar dan kekaisaran kokain-nya mungkin telah berakhir, namun teka-teki tentang penyebab kematian-nya terus memicu diskusi dan spekulasi. Mungkin hanya waktu yang akan mengungkap kebenaran penuh di balik akhir dari narco-teroris paling terkenal ini.