Baca Juga: Apa Makna Moto dan Logo Kunjungan Paus Fransiskus ke Indonesia 2024?
Meski kacau, Paus tidak menentang keberadaan mereka. Paus Inosensius III (menjabat 1198-1216) malah memanfaatkan konflik di ini untuk menekan klaim kemandirian hak Gereja dari Kekaisaran Romawi Suci.
Pada abad ke-14, tantangan serius selama periode Kepausan Avignon. Klaim wilayah Paus dilemahkan karena kebanyakan Paus tidak tinggal di Italia. Para pemimpin Negara-Negara Kepausan mencoba membangun kembali dominasi mereka.
Paus Julius II (menjabat 1503-1513) berhasil menegakkan otoritas kepausan di beberapa negara dengan jalur militer. Periode ini menjadi salah satu prestasi terbesar Negara-negara Gereja mempertahankan wilayahnya.
Jatuhnya Negara-Negara Gereja
Tantangan berikutnya masuk pada periode Reformasi Gereja pada abad ke-16. Gerakan reformasi ini muncul akibat maraknya tindakan korupsi Keuskupan Roma, dan penyalahgunaan kekuasaan spiritual Gereja. Para reformis ini kelak menjadi Protestan.
Banyak dari kekuasaan-kekuasaan Eropa terlepas pengaruhnya dari otoritas Gereja Katolik. Kerajaan Inggris, misalnya, yang kemudian menganut Protestan yang berikutnya kerap berselisih dengan gereja-gereja Katolik.
Pada periode-periode selanjutnya, kekuatan sekuler semakin kuat mengabaikan otoritas gereja. Negara-negara Eropa saling berperang satu sama lain. Pada akhir abad ke-18 dan awal abad ke-19, Napoleon melakukan pelbagai rangkaian peperangan di Eropa, termasuk di Negara-negara Gereja.
Kalangan nasionalis Italia kemudian menyatakan penyatuan Italia pada abad ke-19. Banyak dari penduduk menghendaki politik sekuler yang tidak lagi harus bergantung pada otoritas Gereja. Gerakan penyatuan Italia ini pun menganeksasi Negara-negara Italia yang secara resmi dimulai pada 1870.
Para Paus tidak punya banyak pilihan selain membiarkan kewenangan masyarakat untuk menyatukan Italia. Selama beberapa dekade, keuskupan Roma berada di bawah kuasa Italia.
Keuskupan Roma baru mendapatkan kemerdekaan lewat Perjanjian Lateran pada 1929. Perjanjian ini disepakati antara Paus dan Raja Italia, Vittorio Emanuele III, sebagai akhir dari sengketa Roma. Otoritas Paus mendapatkan kuasa takhta suci Vatikan yang merdeka dengan luas wilayah 44 hektare di Roma.