Ia mengizinkan para prajurit mengambil perhiasan dan uang milik para harem, tetapi berkeras agar para wanita itu tidak disakiti. “Siapa pun yang mencoba melakukan itu, harus melewati mayatku terlebih dahulu,” kata Bouboulina kepada pasukannya.
Selama perang, Bouboulina dianggap setara dengan komandan revolusioner lainnya dan terlibat dalam perencanaan strategi mereka. Ia menjadi sahabat baik Jenderal Theodoros Kolokotronis dan anak-anak mereka kemudian saling menikah.
Setelah perang berakhir, ia menetap di Nauplion, ibu kota Yunani yang baru, hingga tahun 1824 ketika, seperti yang diduga, orang-orang Yunani saling bermusuhan dan Kolokotronis dijebloskan ke penjara.
Bouboulina dipenjara dua kali, dan akhirnya diasingkan ke Spetses, dengan kekayaannya terkuras habis karena berperang. Ia menemui ajalnya saat keluarga Koutsis tersinggung karena putranya Giorgo kawin lari dengan putri mereka.
Saat ia menghadapi keluarga Koutsis di balkonnya, Bouboulina tertembak di bagian kepala dan diperkirakan tewas di tempat pada 22 Mei 1825. Diperkirakan saat kematiannya, ia berusia sekitar 53 tahun.
Setelah kematiannya, Tsar memberinya pangkat kehormatan laksamana di angkatan laut Rusia, wanita pertama yang mendapat kehormatan seperti itu dalam sejarah, dan saat ini, ia dianggap sebagai pahlawan nasional.