Buang sampah seenaknya
Ini dilakukan dengan macam-macam cara. Pernah diundangkan bahwa setiap penghuni harus mengeruk lumpur di parit depan rumahnya atas biaya sendiri. Ini berlaku sampai tahun 1809. Kemudian orang harus membayar semacam pajak dan kotapraja yang mengerjakannya.
Dalam tahun 1686 ditarik biaya sebesar seperempat jumlah sewa rumah. Pada waktu Daendels dan tahun-tahun pertama pemerintahan Inggris, tidak dilakukan pengerukan sama sekali, sehingga pada tahun 1815 semua terusan dalam kota penuh lumpur.
Kecuali lumpur dari laut dan sungai terusan-terusan Belanda itu sudah dicemari oleh kebiasaan buruk membuang sampah seperti daun-daun, kotoran kuda, sampah dapur, sampah jalan, puing bangunan, bahan pembungkus barang dagangan, semuanya diceburkan seenaknya ke air. Bak sampah sudah ada dalam tahun 1674, tetapi pengangkutannya tak tentu sehingga sampah membusuk menimbulkan bau.
Belakangan pengangkutan sampah dilakukan dengan perahu sampah yang berkeliling pada jam-jam tertentu, kedatangan sampan itu diumumkan dengan bunyi-bunyi agar orang siap menyerahkan sampahnya.
Perbaikan tata air
Dalam tahun 1728 dibuat sodetan dari Ciliwung di bilangan atas daerah Weltervreden (kira-kira wilayah Jakarta Pusat sekarang) ke lembah Cidang (Cideng). Karena lembah itu termasuk daerah aliran sungai Krukut, anak sungai Ciliwung, pengalihan itu tak bermanfaat banyak bagi kota. Sodetan itu kini sudah tak ada.
Tak lama setelah berkuasanya Van Imhoff dalam tahun 1746 diusahakan untuk mengalirkan air banjir dengan menggali saluran baru dari terusan yang melingkungi kota di sebelah timur ke laut (sekarang daerah Pasar Pisang).
Di belakang Kasteel (di muara Ciliwung sebelah barat) dibuat pintu-pintu air yang dimaksud untuk melancarkan pembuangan lumpur. Sebaliknya daripada melancarkan, pintu air itu malah memperbesar pengendapan. Setelah itu bagian kota itu ditinggalkan. Orang lalu pindah ke sebelah selatan kota, di tepi Molenvliet. Usaha memperbaiki tata air ditinggalkan pula.
Di permukiman baru itu agaknya masalah air itu masih cukup mengganggu, sehingga usaha perbaikan lain terpaksa dilakukan juga. Sampai akhir abad ke-18 keadaannya bukan menjadi baik tetapi malah sebaliknya. Demikianlah keadaannya menjelang akhir hidup Kompeni, yang pada pertukaran abad ke-19 diambilalih oleh Negara Belanda.
Gubernur Jenderal Daendels yang merupakan pemegang kuasa pertama dari pemerintah Belanda, mencari pemecahannya dengan memindahkan kota ke Weltevreden sambil membiarkan tata air dalam keadaan sebagaimana adanya.
Junghun ketinggalan kapal