Ia juga telah berkeliling ke 30 negara dalam rangka seminar dan studi komparatif untuk masalah kebudayaan dan pengembangan keagamaan dengan berbagai universitas dan LSM.
Sejak kecil Komar dekat dengan dunia Islam utamanya pesantren. Komarudin merupakan Alumni pesantren modern Pabelan, Magelang (1969) dan Pesantren al-Iman, Muntilan (1971). Setelah lulus dari pesantren, ia melanjutkan studi sarjana muda (BA) di bidang Pendidikan Islam (1977) dan sarjana Lengkap (Drs.) di bidang Pendidikan Islam (1981) di IAIN Jakarta.Komar melanjutkan studi doktoral ke luar negeri. Ia Meraih doktor di bidang Filsafat Barat di Middle East Techical University, Ankara, Turkey (1990).
Baca Juga: Agar Terhindar dari Penyakit, Berikut Kiat Makan Sehat Saat LebaranPada 17 Oktober 2006, dalam rapat senat yang dipimpin oleh Azyumardi Azra, di Auditorium utama UIN Syarif Hidayatullah, Komar terpilih sebagai rektor universitas tersebut. Ia memenangi pemilihan suara atas dua kandidat lainnya yakni Prof. Dr. Masykuri Abdillah dan Prof. Dr. Suwito.Komar merupakan kolumnis di beberapa media massa seperti Harian Kompas dan Seputar Indonesia dan Republika. Selaku akademisi, Komar menjadi Dosen pada Fakultas Pasca Sarjana IAIN Jakarta (sejak 1990), dosen pada Fakultas Pasca Sarjana Universitas Indonesia (sejak 1992), dosen Sekolah Tinggi Filsafat (STF) Driyarkara (sejak 1993).Selain sebagai dosen, ia juga sebagai Dewan Redaksi majalah Ulumul Qur`an (sejak 1991), Dewan Redaksi jurnal Studia Islamika (sejak 1994), Dewan Editor dalam penulisan Encylopedia of Islamic World, dan Direktur pada Pusat Kajian Pengembangan Islam Kontemporer, UIN Syarif Hidayatullah Jakarta (sejak 1995). Sejak tahun 1990, ia merupakan salah satu peneliti tetap Yayasan Wakaf Paramadina, Jakarta.
Komaruddin Hidayat pemikir dan cendekiawan muslim Indonesia dalam wawancaranya dengan wartawan the Jakarta Post menegaskan, “Siapa saja yang tidak mengakui keberadaan Syiah pada hakikatnya tidak memiliki pengenalan sedikitpun dengan sejarah Islam. Karena tidak satupun ulama Sunni yang mengingkari peran dan kontribusi besar Iran dalam peradaban Islam.”