Akan tetapi, baik kepada Windarti maupun teman-temannya Njoto tertutup tentang politik. Menurut Windarti, Njoto belajar politik sembunyi-sembunyi. Pada waktu itu Jepang melarang masyarakat bicara tentang politik. Ia tidak pernah terlihat seperti seorang aktivis.
"Dia tidak pernah mendiskusikan gerakan politik," kata Sabar Antaguna, teman sekelas Njoto di Solo, yang duduk di belakangnya.
Pada saat naik kelas dua, Sabar masih ingat bahwa Njoto tiba-tiba menghilang. Njoto pamit pulang ke rumah orang tua di Jember dan pamit kepada Windarti. Tapi tak pernah kembali ke Solo. Tetapi Njoto malah pergi ke Surabaya, ia terlibat dalam perebutan senjata Jepang di Surabaya, Bangil, dan Jember.
Hingga kemudian terdengar kabar bahwa Njoto menjadi anggota Komite Nasional Indonesia Pusat (KNIP) di Yogyakarta, wakul PKI Banyuwangi pada usia 16 tahun.
Ia tinggal di Hotel Merdeka, kawasan Malioboro. Windarti sempat menemuinya di Yogya, beberapa kali diajak makan siang oleh Njoto. Di kota inilah ia bertemu dengan Aidit dan M.H Lukman satu tahun kemudian.