Pengambilan sumber daya di pertambangan menyebabkan kerusakan lingkungan, sebagian besar limbah dibuang ke sungai Aghawaghon yang merupakan sumber kehidupan masyarakat Amungme.
Menurut lembaga New Internationalists aktivitas penambangan menyebabkan ratusan orang Amnungme tewas.
Aktivitas pertambangan Freeport mendapat penjagaan dari pasukan militer Indonesia.
Dewan Australia untuk Bantuan Luar Negeri melaporkan para petugas keamanan ini telah dituduh melakukan intimidasi, penyiksaan, penembakan dan 'penghilangan' masyarakat lokal.
!break!Suara masyarakat adat
Pada 1999, Tom Beanal, seorang pemimpin suku adat Amungme melakukan kampanye menentang perusahaan pertambangan Freeport, menyampaikan pernyataan kepada Komisi HAM PBB.
Dia mengatakan, "Segala bentuk negosiasi, yang berkaitan dengan tanah kami yang dilakukan oleh Pemerintah dan masyarakat Indonesia serta perusahaan asing, dijalankan tanpa konsultasi atau memperhatikan masyarakat adat di Papua Barat.
Dia menambahkan "Jutaan hektar lahan Papua telah dirampas oleh Pemerintah Indonesia dan diserahkan kepada perusahaan asing dan transmigran. Hutan, gunung-gunung , kebun sagu, tanah adat, tempat suci, seluruh kekayaan alam milik rakyat Papua telah dirampas, diperas, dihancurkan dan kemudian dibinasakan."
"Masyarakat adat yang merupakan pemilik tanah tradisional menjadi penghuni liar....karena tanah leluhur mereka digunakan oleh pemerintah dan perusahaan. Budaya Papua semakin terpinggirkan, dan menjadi inferior...."
Perubahan
Otonomi khusus diterapkan di Papua pada 1 Januari, 2002. Dalam aturan baru itu, Papua Barat akan menerima bagian sebesar 70% dari keuntungan minyak dan 60% Dari pendapatan gas serta 80% dari pendapatan sumber daya alam seperti kehutanan, perikanan, dan tambang.
Tetapi banyak kalangan telah menolak paket tersebut dan menyebutkan kebijakan itu tidak menawarkan solusi untuk sejumlah pelanggaran terhadap tanah adat, sumber daya, dan cara hidup.
Gerakan Papua Merdeka hanya menginginkan sebuah referendum. Menurut sejarawan Eben Kirksey, kata Merdeka merupakan sesuatu yang penting bagi konsep Politik Papua barat dan merupakan kunci untuk memahami budaya kontemporer Papua dan perjuangan untuk kemerdekaan.
Bagi rakyat Papua tidak hanya sekedar merdeka tetapi juga ada pengakuan terhadap budaya dan hukum adat. Serta adanya pemimpin adat Dan juga penguasaan sumber daya alam merupakan hal yang utama.