Illuminati terkena dampaknya, terutama setelah penguasa Bavaria mengeluarkan dekrit kedua pada Maret 1785 untuk mepertegas larangan. Ordo itu dibredel.
Polisi melakukan penangkapan anggota dan menemukan berbagai dokumen. Dokumen-dokumen itu dinilai sangat berbahaya, di antaranya berisi pembelaan tentang bunuh diri dan ateisme, rencana mendirikan cabang untuk ordo perempuan, dan instruksi medis untuk praktik aborsi. Bukti-bukti itu sangat kuat untuk menuduh ordo berkonspirasi melawan agama dan negara.
Dekrit ketiga diterbitkan oleh adipati Bavaria pada Agustus 1787. Isinya melarang adanya ordo Illuminati, dan menjatuhkan hukuman mati keanggotaan.
Dampaknya bagi Weishaupt adalah kehilangan jabatan di University of Ingolstadt dan dibuang. Dia menjalani sisa hidupnya di Gotha, Jerman, dan mengajar filsafat di University of Göttingen.
Meski organisasi itu dilarang dan hancur-lebur di Bavaria, warisan mereka bertahan. Banyak teori konspirasi yang dengan kelirunya menuduh Weishaupt membantu merencanakan Revolusi Prancis 1789, seperti yang dipaparkan Webster. Bahkan, ada juga yang menyebutkan Illuminati masih berjalan dan berkonspirasi dalam pembunuhan John F. Kennedy.
Gagasan Weishaupt masih bertahan dan memengaruhi fiksi populer seperti Angels & Demons karya Dan Brown. Organisasinya telah tiada, tetapi pemikirannya mewariskan paham-paham setelahnya untuk melawan kekuasaan yang menindas.