Konflik lain tidak terhindarkan. Pada tahun 1279, setelah mengalahkan Dinasti Song, Khan mampu meningkatkan sumber dayanya secara besar-besaran dan mengarahkan mereka untuk mempersiapkan invasi berikutnya.
Orang Jepang, yang sangat menyadari ancaman yang akan datang, mulai membuat pengaturan pertahanan. Tembok besar yang membentang melintasi Teluk Hakata dan termasuk tempat pendaratan invasi Mongolia terakhir, dibangun saat para samurai melatih dan mengasah keterampilan mereka untuk berperang.
Langkah-langkah seperti itu mutlak diperlukan, karena Khan telah mengumpulkan salah satu pasukan terbesar abad ini. Pasukan pertama Khan, yang menyediakan 900 kapal untuk pengangkutannya, berkekuatan 40.000 orang, dan terdiri atas orang-orang Mongolia, Korea, dan Tiongkok Utara yang baru berasimilasi.
Kekuatan timur utama ini berisi beberapa ribu prajurit lebih banyak daripada tahun 1274. Itu dilengkapi dengan kekuatan selatan tambahan yang terdiri atas 100.000 wajib militer Tiongkok yang mengejutkan.
Namun, ukuran barisan Mongolia pada akhirnya akan berperan dalam kegagalan invasi kedua. Invasi dimulai pada akhir Juni 1274 ketika pasukan timur berangkat dari Korea dan mulai menyerang pertahanan Jepang yang ditempatkan di Teluk Hakata.
Pasukan selatan dimaksudkan untuk bergabung dengan pasukan timur tidak lama kemudian. Namun, ukurannya yang besar menyebabkan mereka menunda kedatangan mereka.
Dengan pasukan timur terjebak di Teluk Hakata, pertempuran laut yang berlangsung selama 50 hari pun terjadi. Pasukan timur perlahan menyusut saat Jepang, di bawah naungan malam, mengirim ratusan kapal kecil untuk mendayung di dekat fregat besar buatan Korea dan membakarnya.
Untungnya bagi pasukan timur, pasukan Tiongkok selatan akhirnya akan muncul di bulan Agustus, sebulan lebih lambat dari yang direncanakan. Bagi orang Jepang, ini menandai lonceng kematian peradaban mereka, yang pasti akan dikalahkan oleh gerombolan Mongol yang menakutkan.
Namun, untungnya bagi orang Jepang, keajaiban terjadi. Saat pasukan Khan melakukan dorongan terakhir mereka ke depan, topan dahsyat tiba-tiba datang.
Orang-orang Khan serta kapal mereka dimusnahkan oleh angin yang menghancurkan sebagian daratan bumi. Kilat ilahi dari badai besar itu akan selamanya diingat dalam sejarah Jepang.
Orang-orang Jepang bergembira. Mereka menamai badai itu 'kamikaze' atau 'angin dewa'.
Warga Kekaisaran Jepang menyaksikan dari pantai saat badai itu melenyapkan musuh mereka. Itu sangat ajaib. Sebab, hanya beberapa hari sebelumnya, Kekaisaran Mongol itu merupakan ancaman eksistensial bagi para samurai dan rakyat Kekaisaran Jepang.