Periode abad pertengahan Kekaisaran Jepang selama ini lebih dikenal dengan pergantian aristokrasi yang menonjol. Tapi yang tidak kalah menarik adalah percampuran budaya Buddhisme dan Shinto yang telah membentuk seni dan arsitektur, telah memengaruhi bagaimana Kekaisaran Jepang modern dan dunia saat ini.
Periode abad pertengahan Kekaisaran Jepang dianggap oleh sebagian besar sejarawan berlangsung dari tahun 1185 hingga 1603 M. Ciri-ciri yang menonjol pada periode ini termasuk penggantian aristokrasi oleh kelas samurai sebagai kelompok sosial yang paling kuat, pembentukan penguasa militer shogun dan daimyo mereka.
Kemudian penurunan kekuasaan kaisar dan munculnya biara Buddha, dan stratifikasi masyarakat feodal. Itu semua telah telah membentuk diferensiasi kelas abadi berdasarkan profesi.
Selama periode abad pertengahan, menurut World History Encyclopedia, Kekaisaran Jepang terus mencampurkan Buddhisme dan Shinto dengan kepercayaan tradisional mereka.
Bentuk-bentuk baru Buddhisme Zen diperkenalkan dari Tiongkok. Sekte Jodo (Tanah Murni), didirikan pada tahun 1175 M oleh pendeta Honen (1133-1212 M), dan Sekte Jodo Shin (Tanah Murni Sejati), didirikan pada 1224 M oleh Shinran (1173-1263 M), murid Honen.
Kedua sekte tersebut menyederhanakan agama. Mereka menekankan bahwa pencerahan dan pencapaian surga terbuka bagi semua orang tanpa memandang status sosial.
Biara Zen terpenting adalah Kencho-ji di Kamakura, yang dibangun pada 1253 M. Prinsip penghematan dan pengekangan Zen menjadi sangat populer di kalangan samurai.
Sekte Buddhis populer lainnya adalah Nicheren, didirikan oleh biksu dengan nama yang sama (1222-1282 M), yang menekankan pentingnya pengucapan dari teks suci Sutra Teratai.
Biara Buddha adalah penyedia penting pendidikan untuk semua kelas dan banyak menampung sekolah seniman dari semua jenis.
Pada tahun 1543 M kontak Eropa pertama dilakukan dengan Jepang ketika tiga pedagang Portugis terdampar. Bersama orang-orang Eropa, dan mereka yang mengikuti, muncul dua ide baru: senjata api berkualitas dan Kekristenan.
Agama baru ini didorong oleh Oda Nobunaga karena menantang kekuatan biara Buddha dan membantu perdagangan luar negeri, tetapi orang Kristen dianiaya oleh penggantinya Toyotomi Hideyoshi.