Peristiwa yang paling terkenal di episode 1597 M ketika 26 orang Kristen disalibkan di Nagasaki. Misionaris Kristen adalah penyedia pendidikan penting lainnya, mendirikan sekolah umum di mana pun mereka menetap.
Seni dan ArsitekturJepang sepenuhnya didominasi oleh para pejuangnya pada periode abad pertengahan, dan situasi ini tercermin dalam arsitektur domestik dan dekorasi interiornya yang keras, seni, dan sastranya.
Periode tersebut akan menghasilkan banyak puisi renga bertema bela diri, sejarah, dan kisah perang (gunki monogatari).
Karya paling terkenal adalah The Tale of the Heike (Heike monogatari) yang pertama kali muncul pada tahun 1218 M dan menceritakan perjuangan mendirikan Keshogunan Kamakura.
Dua vila yang dikonversi di Heiankyo yang pernah dimiliki oleh panglima perang adalah Kinkakuji atau 'Kuil Paviliun Emas' (1397 M) - disebut demikian karena bagian luarnya yang berlapis emas berkilauan.
Kuil itu diikuti oleh kembarannya, Ginkakuji atau 'Kuil Serene of Paviliun Perak', selesai pada 1483 M. Yang ketiga adalah Ryoanji (1473 M) di Kyoto, sekarang menjadi taman batu Zen yang paling banyak dikunjungi di Jepang.
Minimalisme Buddhisme Zen akan memiliki pengaruh yang signifikan pada kaligrafi dan lukisan tinta, dicontohkan oleh karya pendeta Zen Sesshu (nama asli Toyo, 1420-1506 M).
Pendeta Zen Sesshu berspesialisasi dalam suiboku - tinta hitam dan air pada gulungan kertas putih. Karya tersebut digambarkan sebagai bentuk impresionisme yang keras.
Potret abad pertengahan dari tokoh-tokoh seperti kaisar dan shogun, sebaliknya, menjadi lebih realistis pada periode abad pertengahan.
Patung berskala besar mungkin paling baik dilihat di Kuil Kotokuin Kamakura tahun 1252 M, yang memiliki patung perunggu Buddha Amida berukuran besar setinggi 11,3 meter (atau 37 kaki).
Pada periode Azuchi-Momoyama dan penurunan kuil Buddha, dekorasi seni dan arsitektur Kekaisaran Jepang lebih terfokus pada subjek sekuler, terutama burung, bunga, dan orang yang melakukan tugas sehari-hari.