Karena dirahasiakan, banyak dari penemuannya memiliki sedikit pengaruh pada kemajuan ilmiah pada periode Renaisans.
Pada tahun 1476, Leonardo dan tiga pemuda lainnya didakwa melakukan kejahatan penyimpangan seksual dalam sebuah insiden yang melibatkan seorang pelacur pria terkenal. Kejadian tersebut adalah tuduhan serius yang hampir membuat Leonardo dieksekusi.
Tuduhan itu dibatalkan karena kurangnya bukti tetapi setelah kabar tersebut Leonardo menghilang. Dia baru muncul kembali pada tahun 1478 untuk mengambil komisi di sebuah kapel di Florence.
Ketika Francis I dari Prancis menawarinya gelar "Pelukis dan Insinyur Utama dan Arsitek untuk Raja" pada tahun 1515, Leonardo meninggalkan Italia untuk selamanya. Hal itu memberinya kesempatan untuk bekerja di waktu luang sambil tinggal di rumah bangsawan pedesaan, Clos Lucé, dekat kediaman raja di Amboise di Lembah Loire.
Leonardo menghabiskan waktu-waktu terakhirnya di Prancis. Dia meninggal pada tahun 1519 pada usia 67 tahun dan dimakamkan di gereja istana terdekat.