Ketika para pendukung Pompey di Senat Romawi menuntut agar Caesar membubarkan pasukannya dan kembali ke Roma sebagai warga sipil, ia menolak.
Sebaliknya, pada tahun 49 SM, Caesar dengan berani memimpin legiun melintasi Sungai Rubicon, yang memisahkan Gaul dan Roma, sehingga memicu perang saudara.
Pasukan yang mendukung Caesar di satu sisi dan Pompey di sisi lain bertempur hingga Spanyol, Yunani, dan Afrika Utara.
Meski kalah jumlah, legiun Kaisar mengalahkan pasukan Pompey dalam pertempuran menentukan di Pharsalus, Yunani, pada tahun 48 SM, yang menyebabkan Pompey melarikan diri ke Mesir.
Namun sebelum dia bisa mendarat, dia dibunuh atas perintah remaja firaun Ptolemy XIII. Ptolemy ternyata mencari dukungan Caesar dalam perang saudara di Mesir—perang yang mempertemukannya dengan Cleopatra VII .
Ketika bala bantuan Romawi tiba pada awal tahun 47 SM, pasukan Caesar mengalahkan pasukan Ptolemeus dalam Pertempuran Sungai Nil.
Setelah raja muda tersebut tenggelam di Sungai Nil saat melarikan diri dari pertempuran, Caesar mengangkat Cleopatra dan saudara tirinya yang berusia 12 tahun, Ptolemeus XIV.
Sayangnya, Ptolemeus salah perhitungan. Ketika dia menghadiahkan kepala Pompey yang terpenggal kepada Caesar setibanya di Aleksandria, reaksinya bukanlah rasa terima kasih. Caesar mengeksekusi pembunuh Pompey dan memihak Cleopatra dalam perang saudara Mesir.
Menurut sejarawan kuno Plutarch, Caesar menyuruh Cleopatra yang berusia 21 tahun diangkut ke istana kerajaan tempat dia tinggal dengan menyelundupkannya ke dalam karung linen berisi cucian kotor.
Saat peperangan kota meletus di Alexandria, pasangan tersebut memulai percintaan saat terkepung di istana selama enam bulan.
Sekitar waktu Caesar kembali ke Roma, Cleopatra melahirkan seorang anak laki-laki yang diyakini sebagai putranya.
Ratu Mesir menamainya Ptolemeus XV, tetapi orang-orang Alexandria dengan mengejek menyebut anak laki-laki itu sebagai Caesarion atau “Kaisar Kecil.”