Dalam masyarakat agraris mana pun, cuaca dapat menjadi penentu antara hidup dan mati. Dimulai pada tahun 1180, Kelaparan Yowa, yang berlangsung selama dua tahun, melanda Jepang bagian barat. Persediaan makanan menipis karena tidak cukup tanaman yang dapat ditanam.
Pasukan di seluruh pedesaan mengambil apa yang tersisa. Kematian akibat kelaparan merajalela di provinsi-provinsi barat. Di saat yang sama, Taira tidak dapat mempertahankan serangan mereka terhadap Minamoto.
Sementara Taira memerintah Kekaisaran Jepang dari ibu kota, istana kekaisaran tidak banyak bergerak untuk mengatasi kelaparan. Klan Taira pun kelaparan.
Untuk mendapatkan makanan, mereka sering kali mencoba menjual harta berharga, namun keberhasilannya terbatas. Lagi pula, saat kelaparan, tidak ada yang peduli dengan emas atau batu permata.
Penduduk kota melarikan diri ke pegunungan terdekat dengan harapan bisa bertahan hidup di alam liar.
Yoritomo menawarkan perdamaian jika Taira mau mengakui kekuasaan Klan Minamoto di Jepang timur, namun ditolak. Taira tidak mengetahui bahwa Yoritomo melakukan kontak rahasia dengan Go-Shirakawa.
Yoritomo meyakinkannya untuk mendorong pengadilan agar melegitimasi pemerintahan sekunder Minamoto. Prajurit mereka juga diberi wewenang untuk bertindak sebagai penjaga perdamaian di seluruh Kekaisaran Jepang.
Mereka menekan pemberontakan, melindungi kepentingan kaum bangsawan, dan meletakkan dasar bagi pemerintahan samurai.
Kiso Yoshinaka dan pelarian kaisar muda
Sementara Yoritomo menguasai dataran Kanto, Yoshitsune menjadi wilayah sisa-sisa Fujiwara di utara. Sepupu jauh Minamoto Yoshinaka bertempur di barat laut di Shinano.
Yoshinaka adalah seorang jenderal yang tidak kenal takut dan tidak sabar. Alih-alih menginginkan kebebasan Klan Minamoto, Yoshinaka hanya ingin melawan Taira dengan caranya sendiri.
Dengan bantuan istrinya Tomoe Gozen, pasukannya mengambil alih Kyoto. Taira yang tersisa melarikan diri, membawa kaisar Antoku dan Imperial Regalia bersama mereka ke barat.