Dan-no-Ura
Yoshitsune menggunakan kekuatan angkatan laut barunya untuk berlayar melalui Laut Pedalaman Seto. Armadanya melawan armada Taira di Dan-no-Ura, sebuah pantai di Selat Shimonoseki, pada tanggal 25 April 1185. Minamoto memiliki 300 kapal dan Taira memiliki 500 kapal.
Tentara Minamoto juga menyandera seorang jenderal Taira, ia adalah salah satu putra Taguchi Shigeyoshi.
Pada awalnya, arus pasang surut memungkinkan armada Taira untuk bermanuver dengan bebas. Kedua armada saling melepaskan tembakan panah sampai air pasang berubah, merampas keunggulan Taira. Minamoto menutup jarak, menjaga kapal-kapal mereka dalam formasi ketat.
Taguchi Shigeyoshi, yang berada di belakang armada Taira, membelot dan bertempur bersama Minamoto. Ia juga mengungkapkan lokasi kapal andalan Kaisar Antoku.
Nenek Antoku melompat ke laut, membawa kaisar muda serta Regalia Kekaisaran bersama mereka. Mereka memilih untuk tenggelam ke dasar laut daripada menghadapi penangkapan dan eksekusi atau penyiksaan di tangan musuh.
Sampai saat ini pedang suci Kusanagi-no-Tsurugi belum ditemukan, meski telah dibuat replikanya.
Klain Taira benar-benar dikalahkan
Setelah kekalahan Taira, Yoritomo memutuskan tidak menginginkan persaingan. Ia menyingkirkan komandan setianya, Yoshitsune dan Noriyori.
Pada tahun 1199, setelah mengalahkan sisa-sisa Fujiwara utara, Yoritomo menerima gelar sei-i-taishogun (komandan tentara penumpas barbar) dan memerintah dari ibu kotanya di Kamakura.
Keshogunan Kamakura bertahan selama 150 tahun. Keshogunan itu meletakkan dasar bagi pemerintahan samurai melalui Keshogunan Ashikaga dan Tokugawa hingga Restorasi Meiji, pada tahun 1867.