Gereja Ortodoks Koptik, salah satu gereja Kristen tertua di dunia, telah menunjukkan keunikan dalam sistem pemerintahannya. Setelah tahun 1890-an, gereja ini mulai mengembangkan sistem yang lebih demokratis dalam pengambilan keputusan.
Struktur pemerintahan Gereja Koptik didominasi oleh Patriark Alexandria dan 12 uskup diosesan. Namun, peran umat awam dalam pengambilan keputusan tidak boleh dianggap remeh.
Dewan-dewan komunitas yang terdiri dari perwakilan umat awam memiliki peran penting dalam mengelola keuangan gereja, sekolah-sekolah yang dikelola gereja, serta berbagai aturan yang berkaitan dengan kehidupan pribadi umat, seperti pernikahan, warisan, dan sebagainya.
Proses pemilihan Patriark juga melibatkan partisipasi aktif dari umat awam. Ketika Patriark wafat, sebuah kolese elektoral yang mayoritas anggotanya adalah umat awam akan memilih tiga calon Patriark dari kalangan rahib yang memenuhi syarat usia. Setelah melalui proses doa dan pertimbangan yang matang, calon terpilih akan ditentukan melalui undian.
Sebagai pemimpin tertinggi, Patriark Alexandria yang berkedudukan di Kairo sering disebut sebagai Paus. Gelar ini menandakan klaim otoritas apostolik yang berasal dari Santo Markus.
Saat ini, Paus Tawadros II atau Paus Theodorus II menjadi pemimpin tertinggi Patriark Alexandria. Ia adalah paus ke-118 dari Gereja Ortodoks Koptik atau Gereja Ortodoks Mesir.
Di bawah kepemimpinan Patriark, Gereja Koptik telah berhasil membangun berbagai lembaga pendidikan, seperti sekolah dasar dan menengah, serta sekolah Minggu untuk anak-anak.
Selain itu, Gereja Koptik juga mendirikan Institut Studi Koptik di Kairo, sebuah perguruan tinggi teologi yang dilengkapi dengan museum. Bahkan, ajaran Gereja Ortodoks Koptik telah diakui pentingnya sehingga menjadi bagian dari kurikulum agama Kristen di sekolah-sekolah negeri di Mesir.