Salah satu kisah adalah bahwa ia ditikam oleh seorang gadis harem yang ditahan. Kisah lainnya adalah bahwa ia terbunuh oleh panah nyasar dalam pertempuran dengan Xia Barat. Marco Polo mempercayai bahwa ia jatuh dari kuda atau terluka saat berburu. Ada kisah-kisah tentang penyakit, dari wabah hingga keracunan kuno.
Ada cerita dan kisah tandingan, yang dibuat untuk menghormati Khan dengan kematian yang lebih mulia atau untuk mencoreng namanya.
Menurut The Secret History of The Mongols, Genghis Khan meninggal pada 18 Agustus 1227. Ia meninggal di tempat yang sekarang disebut Yinchuan, dekat Sungai Kuning.
Mungkin Darkhad beruntung bisa selamat dari kematian Genghis, karena ada kisah-kisah mengerikan yang dikaitkan dengan meninggalnya sang Khan. Untuk menghormati keinginan Khan untuk merahasiakannya, konon 2.000 orang yang menghadiri pemakaman sang Khan dibantai oleh pasukannya.
Pasukan itu kemudian dibunuh oleh pengawal sang Khan. Pengawal itu kemudian membunuh siapa pun yang menghalangi jalan mereka, untuk menyembunyikan tempat Genghis Khan dimakamkan.
“Akhirnya, ketika mereka mencapai tujuan, para penyintas yang tersisa bunuh diri,” tulis Mads Vesterager Nielsen di laman The China Project.
Di Mongolia, dipercaya bahwa sang Khan dimakamkan oleh keluarga dekatnya. Saat pemakamannya, kawanan kuda berlari kencang di atas makam itu hingga tidak ada apa-apa selain debu.
8 abad telah berlalu dan lokasi makam Genghis Khan tetap menjadi misteri. Pada tahun 2004, tim arkeolog Jepang dan Mongolia menggali sebuah istana yang mereka duga terkait dengan situs permakaman sang Khan di Mongolia.
Namun, banyak yang percaya bahwa makam tersebut seharusnya berada di dekat Sungai Onon di Mongolia. Wilayah itu merupakan tempat Temujin — yang merupakan nama sang Khan — lahir dan dibesarkan.
Namun di Tiongkok, tempat peristirahatan terakhir sang Khan berada di Ordos, tempat Makam Genghis Khan dibangun pada tahun 1954. Pembangunannya dikecam oleh orang-orang Mongolia karena dianggap sebagai upaya untuk mengeksploitasi warisan Genghis Khan. Hingga saat ini, daerah tersebut dianggap oleh banyak orang Mongolia sebagai daerah yang tidak sah.
Relik, Darkhad, dan makam terus menimbulkan kontroversi besar. Pakar Mongolia secara teratur menyerukan agar Darkhad dipindahkan ke Mongolia.
Ada kekhawatiran tentang bagaimana otoritas Tiongkok akan mengelola warisan Khan. Di Tiongkok, Genghis Khan secara rutin disebut sebagai "pahlawan nasional Tiongkok". Ia dianggap sebagai seorang raja dalam garis keturunan kaisar yang memerintah Tiongkok.
Hampir 800 tahun berlalu, letak makam Genghis Khan terus menjadi misteri. Namun suku Darkhad tetap menjadi penjaga setia jiwa sang Khan.