Ia menemukan jenis Rafflesia lain yang kini dikenal sebagai bunga terbesar di dunia, Rafflesia arnoldii.
Raffles menemukannya bersama Joseph Arnold, seorang ilmuwan, saat melakukan ekspedisi ke Bengkulu pada 19-20 Mei 1818.
Karena itulah, bunga yang ditemukan dinamai Rafflesia arnoldii, gabungan dari nama Raffles sebagi nama genus dan Arnoldi sebagai nama spesies.
Raffles meminta istrinya, Sophia, membuat ilustrasi.
Spesimen dan ilustrasi lantas dikirimkan ke Sir Josep Banks di London melalui Thomas Horsfield, doktor yang bekerja untuk Belanda di Jawa.
Banks lantas memberikan semua material kepada Robert Brown dan Franz Bauer yang membuat ilustrasi dengan rinci.
Selanjutnya, nama genus tanaman baru itu dinamai Rafflesia dan dipublikasikan pada The Transaction of the Linnean Society tahun 1821.
Arnold sendiri meninggal akibat malaria di Bengkulu sebelum penemuan dipublikasikan.
Sementara, penamaan spesies diusulkan oleh Brown.
Begitulah sekelumit cerita Rafflesia. Hingga kini, sudah ada sekitar 28 spesies Rafflesia yang ditemukan, mayoritas terdapat di Indonesia.