Partisipasi ini menggarisbawahi keterlibatan mendalam Shinsengumi dalam perjuangan politik pada zaman itu.
Saat Shinsengumi memperluas pengaruh dan kekuatannya, ia juga mengalami konflik dan perubahan internal yang adil. Pergolakan ini dipicu oleh perebutan kekuasaan, perbedaan ideologi, dan keluhan pribadi.
Konflik besar pertama terjadi di awal keberadaan Shinsengumi, berkisar antara dua pemimpin aslinya, Serizawa Kamo dan Kondō Isami
Serizawa, terlepas dari keterampilan dan kemampuan kepemimpinannya yang tak terbantahkan, dikenal karena perilakunya yang tidak menentu dan mengabaikan keselamatan warga sipil.
Tindakannya, bersama dengan sekutu dekatnya Niimi Nishiki, mulai menimbulkan kekhawatiran serius di dalam grup dan di antara sponsor Keshogunan mereka.
Situasi mencapai puncaknya ketika Kondō Isami, bersama dengan Hijikata Toshizō dan anggota lainnya, membunuh Serizawa dan Niimi pada tahun 1863.
Kudeta ini mengalihkan kepemimpinan kelompok hanya ke Kondō, menandai perubahan signifikan dalam kepemimpinan dan dinamika internal Shinsengumi.
Ketegangan lebih lanjut berkembang di dalam grup karena kode etik yang ketat, Kyokuchū Hatto. Kode ini memberlakukan hukuman berat, termasuk seppuku, karena melanggar aturannya. Peraturan ketat ini mengakibatkan suasana tegang di dalam grup, yang mengarah ke contoh desersi dan pertikaian.
Salah satu episode penting dari konflik internal adalah perselisihan dengan Itō Kashitarō, seorang samurai berpendidikan tinggi dan penasehat Kondō.
Itō, yang memiliki perbedaan ideologis dengan Kondō dan Hijikata, akhirnya membelot dari Shinsengumi pada tahun 1867 dengan beberapa anggota lain untuk membentuk kelompok saingan, Goryō Eji.
Namun, dia dibunuh tak lama kemudian, diyakini berada di tangan Shinsengumi.
Akhirnya, pergolakan politik pada zaman itu juga bergema di dalam Shinsengumi. Saat cengkeraman kekuasaan Keshogunan memudar, beberapa anggota mendapati diri mereka mempertanyakan kesetiaan mereka dan masa depan kelompok.