Lobsang Khan menguasai Tibet, menyebut dirinya raja, mengirim Tsangyang Gyatso ke Beijing, dan melantik Dalai Lama “palsu”. Tsangyang Gyatso “secara misterius” meninggal dalam perjalanan.
Invasi Dzungar Mongol
Raja Lobsang memerintah selama 12 tahun, sampai bangsa Mongol Dzungar menyerbu dan mengambil alih kekuasaan. Mereka membunuh orang yang berpura-pura naik takhta sebagai Dalai Lama. Konon tindakannya itu dilakukan demi kebahagiaan rakyat Tibet, tapi ia pun mulai menjarah biara-biara di sekitar Lhasa.
Vandalisme ini mendapat respon cepat dari Kaisar Tiongkok Kangxi, yang mengirimkan pasukan ke Tibet. Bangsa Dzungar menghancurkan batalion Kekaisaran Tiongkok di dekat Lhasa pada tahun 1718.
Pada tahun 1720, Kangxi yang marah mengirimkan kekuatan yang lebih besar ke Tibet, yang menghancurkan Dzungar. Tentara Qing juga membawa Dalai Lama Ketujuh, Kelzang Gyatso (1708-1757) ke Lhasa.
Perbatasan antara Kekaisaran Tiongkok dan Kerajaan Tibet
Kekaisaran Tiongkok memanfaatkan periode ketidakstabilan di Tibet ini untuk merebut wilayah Amdo dan Kham. Tiongkok menjadikannya Provinsi Qinghai di Tiongkok pada tahun 1724.
3 tahun kemudian, Tiongkok dan Tibet menandatangani perjanjian yang menetapkan garis batas antara keduanya. Garis batas ini tetap berlaku sampai tahun 1910.
Kekaisaran Tiongkok berusaha keras untuk mengendalikan Tibet. Kaisar mengirim seorang komisaris ke Lhasa, tetapi dia terbunuh pada tahun 1750.
Tentara Kekaisaran Tiongkok kemudian mengalahkan para pemberontak. Kaisar Tiongkok pun menyadari bahwa ia harus memerintah melalui Dalai Lama daripada secara langsung. Keputusan sehari-hari akan dibuat di tingkat lokal.
Era penuh gejolak dimulai
Pada tahun 1788, wakil penguasa Nepal mengirimkan pasukan Gurkha untuk menyerang Tibet. Kaisar Dinasti Qing merespons dengan kekuatan dan pasukan Nepal mundur.