Namun, reformasi ini berujung pada Perang Saudara Nepal (1996-2006). Juga menyebabkan pemerintahan Kerajaan Nepal ditentang oleh Partai Komunis Nepal (CPN). CPN menggunakan taktik perang gerilya dan konflik ini masih berlangsung hingga saat pembantaian keluarga Kerajaan Nepal.
Selain tidak dapat menikahi wanita yang dicintainya, beberapa orang berpendapat bahwa Putra Mahkota Dipendra marah kepada ayahnya. Pasalnya, sang ayah mewariskannya monarki konstitusional alih-alih monarki otoriter.
Ia mungkin merasa bahwa terlalu banyak kekuasaan telah diberikan setelah Gerakan Rakyat 1990. Perang Saudara Nepal menunjukkan bahwa monarki tidak dapat memulihkan stabilitas penuh di Nepal.
Akibat pembantaian keluarga Kerajaan Nepal
Pada tanggal 2 Juni, para korban pembantaian keluarga Kerajaan Nepal diberi pemakaman kenegaraan. Mereka dikremasi di depan Kuil Pashupatinath di Kathmandu. Paman Dipendra, Gyanendra, naik takhta pada tanggal 4 Juni.
Rakyat Nepal tidak percaya atas kematian raja mereka. Mereka tidak percaya dengan penjelasan “tembakan senjata otomatis yang tidak disengaja”. Beberapa orang bertanya-tanya apakah raja baru itu berada di balik konspirasi untuk membunuh saudaranya. Yang lain menduga pemerintah menutup-nutupinya.
Kathmandu memberlakukan jam malam pada tanggal 4 Juni. Kerusuhan tetap terjadi. Tiga pengunjuk rasa ditembak dan tewas. Malam berikutnya, 14 orang lainnya ditembak dan terluka, sementara 460 orang ditangkap karena melanggar jam malam. Pada tanggal 12 Juni, upacara Hindu katto diadakan untuk mengusir roh raja yang telah meninggal dari Nepal.
Sebuah komite melakukan investigasi selama seminggu atas pembantaian tersebut, yang dirilis pada tanggal 14 Juni. Versi kejadian yang menyatakan bahwa “kebocoran peluru tidak disengaja” ditolak dan semua kesalahan dikaitkan dengan Dipendra.
Laporan enam halaman tersebut tidak memuaskan masyarakat Nepal yang skeptis. Laporan itu tidak memuat rincian seperti laporan toksikologi, laporan balistik, dan hasil otopsi. Apa yang dihisap Dipendra pada malam pembunuhan itu digambarkan sebagai zat hitam yang tidak disebutkan namanya.
Laporan itu juga tidak menyebutkan secara spesifik bahwa Dipendra meninggal karena bunuh diri. Scotland Yard (Kepolisian Metropolitan London) menawarkan bantuan untuk investigasi tersebut, tetapi tawaran ini ditolak. Banyak orang Nepal merasa sulit untuk percaya bahwa Dipendra akan membunuh orang tuanya dan mereka tidak memercayai penjelasan resmi tersebut.
Pemerintahan Raja Gyanendra dimulai dengan awal yang buruk. Masyarakat Nepal tidak memiliki rasa hormat terhadapnya seperti yang mereka miliki terhadap kakak laki-lakinya.
Pada bulan Mei 2002, Gyanendra memberikan dukungannya kepada Perdana Menteri Sher Bahadur Deuba yang dipilih secara populer. Namun, pada bulan Oktober 2002, Gyanendra memberhentikan Deuba dan mengonsolidasikan kekuasaan pemerintahan ke tangannya sendiri.
Antara tahun 2002 dan 2005, Gyanendra memilih dan memberhentikan tiga perdana menteri karena gagal menyelenggarakan pemilihan umum. Ia bahkan mengundang pemberontak CPN untuk berdiskusi di meja bundar.
Pada tanggal 1 Februari 2005, setelah Deuba diberhentikan untuk kedua kalinya, Gyanendra mengambil alih kekuasaan sebagai penguasa absolut Nepal. Ia menjanjikan bahwa Nepal akan kembali normal dalam waktu 36 bulan.
Gaya pemerintahan Gyanendra sangat bertolak belakang dengan gaya pemerintahan kakaknya. Meskipun menjanjikan kembalinya perdamaian dan demokrasi yang efektif, perbedaan pendapat ditindas dan kebebasan sipil dibatasi.
Pada bulan April 2006, CPN dan aliansi tujuh partai politik lainnya menggelar protes dan pemogokan di Kathmandu. Aksi itu dilakukan untuk menentang pemerintahan langsung Gyanendra.
Sejak tanggal 5 April, terjadi penindasan yang disertai kekerasan terhadap protes, rapat umum, dan pawai meningkat. Pada tanggal 24 April, sedikitnya 19 warga Nepal telah meninggal dan lebih dari seribu orang terluka.
Pada tanggal 21 April, hari pawai ratusan ribu pengunjuk rasa di Kathmandu, Gyanendra mengumumkan akan mengembalikan kendali politik kepada rakyat. Ia meminta Aliansi Tujuh Partai (SPA) untuk membentuk pemerintahan. SPA dan CPN menolak tawaran ini, dengan mengatakan bahwa hal itu tidak sesuai dengan tujuan mereka.
Tiga hari kemudian, pada tanggal 24 April 2006, Gyanendra mendirikan kembali Parlemen Nepal yang sebelumnya telah dihapuskan. SPA menerima hal ini, meskipun CPN tidak.
Akan tetapi, pemberontak Maois (yang bersekutu dengan CPN) menerima gencatan senjata selama 3 bulan dalam Perang Saudara Nepal. Pada tanggal 18 Mei, Parlemen yang baru memberikan suara untuk mencabut banyak kekuasaan Raja Gyanendra.
Gyanendra mempertahankan posisinya sebagai pemimpin boneka selama 2 tahun lagi. Selama waktu ini, pemerintah transisi mengambil langkah-langkah yang diperlukan untuk membentuk pemerintahan yang lebih permanen.
Mereka berencana untuk menangguhkan monarki. Pada tanggal 28 Mei 2008, Nepal mendeklarasikan dirinya sebagai republik demokrasi federal. Monarki Nepal pun dihapuskan.
Pembantaian kerajaan Nepal tahun 2001 menyebabkan berakhirnya monarki Nepal. Mayoritas rakyat Nepal dapat menerima Raja Birendra sebagai raja, tetapi tidak saudaranya.
Tindakan putra mahkota mengakibatkan pembunuhan massal terburuk terhadap keluarga kerajaan sejak keluarga Romanov dihukum mati di Rusia pada 1918.