Shogun, Tokugawa Iemochi, akhirnya memutuskan untuk membuka pelabuhan, tetapi Kaisar Komei keberatan dengan perjanjian tersebut. Keshogunan mengabaikan keinginan kaisar dan tetap membuka pelabuhan.
Kemudian pada tahun 1863, Kaisar Komei memutuskan tradisi tunduk pada Shogun, mengeluarkan perintah untuk “mengusir orang barbar”.
Klan Choshu memberontak
Mengabaikan keinginan kaisar tentang isolasionisme tidak cukup untuk mengakhiri Keshogunan Tokugawa. Hal itu menimbulkan kemarahan banyak samurai, terutama di Klan Choshu.
Klan tersebut terletak di ujung barat daya Honshu, relatif jauh dari kekuasaan Shogun di Edo. Di klan Choshu, kekuasaan telah jatuh ke tangan samurai yang tidak puas dengan Keshogunan dan ingin mengakhirinya. Mereka anti-asing dan pro-kaisar.
Unit militer dibentuk di Klan Choshu dengan tujuan mengusir penyerbu asing. Para prajurit direkrut dari pinggiran kelas samurai dan ini melemahkan hierarki samurai tradisional di dalam klan.
Ketidakpuasan klan memuncak pada tahun 1864. Selain berperang melawan orang asing sebagai upaya untuk mengusir orang barbar, Choshu melakukan Pemberontakan Gerbang Hamaguri. Samurai dari klan tersebut mencoba untuk mengambil alih Kyoto (kedudukan kaisar) dan memulihkan otoritas politik kaisar.
Namun mereka berhasil dipukul mundur oleh pasukan Keshogunan. Sebagai pembalasan atas serangan tersebut, Keshogunan melancarkan ekspedisi melawan Choshu.
Klan Satsuma membelot
Klan Satsuma akhirnya bersekutu dengan Choshu melawan Keshogunan. Klan tersebut memerintah Kyushu, di seberang laut dari Choshu dan sama jauhnya dari kekuasaan Shogun di Edo. Dukungan luas untuk kaisar memang ada, tetapi tidak seperti di Choshu, ada elemen yang kurang radikal di Klan Satsuma.
“Alhasil, gerakan loyalis di Klan Satsuma lebih menjadi upaya mengembalikan wibawa Kaisar melalui jalur politik,” tambah Myers. Pada tahun 1866, elemen loyalis telah menguasai Klan Satsuma dan mereka bergabung dengan Choshu dalam aliansi anti-Shogun.
Tahun itu, kedua klan bersatu untuk mengalahkan ekspedisi Shogun kedua melawan Shogun. Hal ini mengakibatkan hilangnya otoritas yang signifikan bagi Keshogunan. Namun, tak lama kemudian, Kaisar Komei dan Shogun Tokugawa Iemochi meninggal. Mereka digantikan oleh Kaisar Meiji dan Shogun Tokugawa Yoshinobu.