Hal ini menyebabkan klan terkemuka lainnya membelot. Demoralisasi, Yoshinobu melarikan diri dari Osaka ke Edo dan pasukan Keshogunan mundur.
Sekarang setelah pasukan kekaisaran memperoleh keuntungan, mereka dapat merebut Edo. Saat itu, Yoshinobu ditempatkan di bawah tahanan rumah. Aliansi utara terus berjuang atas nama Keshogunan tetapi akhirnya dikalahkan pada pertempuran terakhir Pertempuran Hakodate di Hokkaido.
Akhir dari feodalisme melucuti kekuasaan samurai di Kekaisaran Jepang
Berakhirnya Keshogunan juga menandai berakhirnya feodalisme di Kekaisaran Jepang dan restrukturisasi besar-besaran pemerintahan.
Selama Restorasi Meiji, Kaisar Jepang mengadopsi sejumlah konsep Barat, seperti pemerintahan konstitusional. Pada akhir Perang Boshin, upaya sedang dilakukan untuk sepenuhnya menghilangkan sistem kasta yang telah ada sejak abad ke-12. Kaisar menggantinya dengan pemerintahan kekaisaran yang terpusat.
Pada akhir Perang Boshin, dewan kekaisaran terutama terdiri dari samurai dari Klan Satsuma dan Choshu. Juga terdapat beberapa perwakilan dari klan terkemuka lainnya.
Pada tahun 1869, daimyo telah disingkirkan dari kekuasaan dan pada tahun 1871, bekas wilayahnya diubah menjadi prefektur.
Penghapusan wilayah bukanlah masalah kecil dan rencana tersebut membutuhkan dukungan dari banyak samurai terkemuka. Tetap saja, langkah ini menimbulkan gesekan antara pemerintah kekaisaran yang baru dan beberapa orang di kelas samurai.
Ketegangan meningkat ketika kaisar menyatakan semua kelas sama dan ketika kelas samurai secara sistematis dicabut hak istimewa dan statusnya.
Wajib militer menghentikan monopoli samurai pada dinas militer
Pemerintah Meiji secara efektif mengakhiri monopoli samurai pada dinas militer. Sampai saat ini, pasukan samurai secara langsung setia kepada daimyo lokal mereka.
Dengan penghapusan daimyo dan wilayah mereka, tentara kekaisaran nasional perlu dibentuk. Itu terjadi pada tahun 1872, ketika pemerintah Meiji melembagakan wajib militer universal. Setiap pria, samurai atau bukan, diharuskan mengikuti wajib militer selama 3 tahun.